Crkva je dosad najoštrije napala vlast s kojom od početka mandata ima nesuglasice. Zagrebački nadbiskup Bozanić u božićnoj poruci kaže da je ova vlast nesreća za Hrvatsku. I ostali biskupi Vladi najviše zamjeraju uvođenje zdravstvenog odgoja te poručuju da ga u katoličkim školama neće provoditi jer to brani sporazum RH i Svete Stolice.