Što se događa sa stanicom ovisi o vrsti virusa. Neki virusi ubiju stanice koje zaraze. Drugi promijene funkciju stanice tako da stanica izgubi nadzor nad normalnom staničnom diobom i postane maligna (zloćudna ili kancerogena). Neki se virusi ugrade kao dio ili kao potpuna genetska informacija u stanicu domaćinove DNK, ali ostaju neaktivni (ili latentni) sve dok stanica nije poremećena na način koji virusu omogućava da se opet pojavi (aktivira).

Većina virusa ima domaćina kojemu daju prednost. Neki, kao virus influence (gripe), mogu zaraziti ljude i različite druge životinje. Međutim, neki sojevi influence su se prilagodili na takav način koji im omogućuje da zaraze jednu vrstu životinje učinkovitije nego druge. Većina virusa, koji se obično nalaze u ljudima, prenose se s osobe na osobu. Neki virusi, kao što su virus bjesnoće ili virusi encefalitisa, zaraze u prvom redu životinje, a ljude samo ponekad.

Tijelo ima brojne specifične i nespecifične obrane protiv virusa. Fizičke zapreke, kao što su koža i sluznice, sprječavaju lako ulaženje. Zaražene stanice također proizvode interferon(e), obitelj glikoproteina koji mogu nezaražene stanice učiniti otpornijima na infekciju mnogim virusima.

Ako virus uđe u stanicu, različite vrste bijelih krvnih stanica, kao što su limfociti, mogu ga napasti i uništiti zaražene stanice. Dvije glavne vrste limfocita su B limfociti i T limfociti. Kada su izloženi napadu virusa, broj T limfocita se poveća i sazriju ili u stanice pomoćnice koje pomažu B limfocitima koji stvaraju protutijela ili u citotoksične stanice (stanice ubojice), koje mogu napasti stanice zaražene specifičnim virusom. T limfociti proizvode i kemijske tvari (zvane citokini) koje ubrzavaju proces sazrijevanja. Citokini iz stanica pomoćnica mogu pomoći B limfocitima i njihovim izvedenicama, plazma stanicama, da proizvode protutijela koja imaju za metu specifične viruse i čine ih nezaraznima prije nego što mogu zaraziti drugu stanicu.

Imunost se može proizvesti (stvoriti) primanjem cjepiva. Cjepiva su slična specifičnom virusu, kao što je virus koji uzrokuje influencu ili ospice, koja se mogu dati ljudima, a da ne prouzroče bolest. Kao odgovor na cjepivo, tijelo poveća broj T i B limfocita koji su sposobni prepoznati specifični virus. Na taj način cjepiva mogu proizvesti imunost na specifični virus. Mnoga cjepiva postoje da spriječe česte i teške infekcije uključujući influencu, ospice, epidemijski parotitis (mumps ili zaušnjaci), poliomijelitis, vodene kozice (varičele), bjesnoću, rubeolu, hepatitis A i B, japanski encefalitis i žutu groznicu. Međutim, katkada se virus mijenja (mutira) da izbjegne protutijelo (proizvedeno cijepljenjem) pa postoji potreba za ponovnim cijepljenjem.

Neposredna zaštita protiv virusne infekcije može se postići primanjem injekcije ili infuzije imunoglobulina. Imunoglobulin sadrži gotova protutijela koja je proizvela druga osoba ili neka životinja. Na primjer, osoba koja putuje u područje gdje je čest hepatitis A može dobiti injekciju imunoglobulina hepatitisa A. Međutim, imunoglobulin može neka cjepiva, kao što su ospice ili poliomijelitis, učiniti manje učinkovitima, ako se daje u istodobno kada i cjepivo.

Lijekovi koji su učinkoviti protiv virusa zovu se protuvirusni lijekovi (antivirotici). Daleko manje ima antivirotika nego što ima protubakterijskih lijekova (antibiotici). U usporedbi s većinom antibiotika, antivirotike je općenito teže projektirati, mnogo su specifičniji za mikroorganizam koji moraju uništiti i općenito mnogo toksičniji. Antibiotici nisu učinkoviti protiv virusnih infekcija, ali ako osoba ima istodobno i bakterijsku infekciju uz virusnu, često je potrebno dati neki antibiotik.

Virusne bolesti dišnog sustava: Vjerojatno su najčešće virusne infekcije bolesti pluća i dišnih putova. U te bolesti spadaju obična prehlada, influenca (gripa), infekcije ždrijela i grkljana (faringitis i laringitis), krup u male djece, i upala dušnice (traheitis) ili drugih dišnih putova (bronhiolitis, bronhitis).