Nicole se s Tomom Cruiseom vjenčala 1990. godine, a ubrzo nakon vjenčanja usvojili su dvoje djece. Iako je sve isprva bilo idilično, između dvoje megapopularnih glumaca stala je Tomova religija - scijentologija. Nicole se nisu sviđali stega i pravila koja scijentologija nameće pa se Tom počeo udaljavati od nje. Odlučio je i da će i njihovu djecu odgojiti u skladu s tom religijom, pa je tako i bilo. Nicole se u jednom trenutku počela osjećati isključeno iz njihove rutine i vrijednosnog sklopa pa je došlo do zahlađenja odnosa. Kada je došlo do iznenadnog razvoda koji je zatražio Cruise, sud je puno skrbništvo nad djecom dodijelio upravo njemu, i to baš zato što su bili vjernici čija je sveta dužnost izbjegavati osobe koje nisu scijentolozi.