John Gavin Malkovich rođen je u gradu Christopheru u državi Illinois. Njegov otac bio je hrvatski iseljenik iz Ozlja, dok s majčine strane vuče njemačke i škotske korijene. Odrastao je u Bentonu, gdje mu je otac Daniel Malkovich bio ravnatelj i izdavač časopisa "Outdoor Illinois", a majka Joe Anne bila je novinarka u lokalnim novinama koje su bile u vlasništvu njezine obitelji sve do 1986. godine.
John Malkovich urnebesno objasnio zašto ne zna naš jezik: 'Baka i djed su se znali svađati na hrvatskom...'
John Malkovich
Upravo je obitelj Malkovich bila poznata kao jedan od osnivača pokreta za očuvanje okoliša u Illinoisu. Zanimljivo, prije nego što je započeo svoju glumačku karijeru, na kratko je odlučio studirati ekologiju na Estern Illonis Sveučilištu.
Povodom svog boravka u Hrvatskoj, za Dnevnik je izjavio: "Bio sam ovdje nekoliko puta, uvijek sam uživao. U Zagrebu nisam proveo puno vremena, bio sam samo tri ili četiri puta. Ne poznajem Zagreb toliko dobro. Posjetio sam puno otoka, proputovali smo velik dio obale. Bilo je lijepo, fantastično. Išli smo na dugačko putovanje, poveo sam kolege i naše obitelji na dugo krstarenje, tri tjedna, prije nekoliko godina. Napola sam Hrvat. Točka. Koliko ja znam. Dijelom sam Škot, dijelom Francuz. To nije nešto čime bih se ponosio, niti sramio, mislim. To je činjenica".
Uoči svog zagrebačkog nastupa u Lisinskom, posjetio je i drnišku konobu 'Ponistra' u Zagrebu gdje je uživao u čuvenom merlotu, a slike je objavio na svojim društvenim mrežama.
Malkovich je utjelovio Johna Brannoxa ili Ivana Pavla III. u seriji "Novi papa". Malkovich igra tankoćutnog engleskog aristokrata čija se cijeloživotna patnja zbog krivnje za bratovu smrt, osim u ovisnosti o drogama, oslikava i u tome da nije spreman ni za jedan vid papinskog života osim onoga estetskog.
Prva prava filmska uloga koju je Malkovich dobio bio je Mr. Will, slijepi podstanar u filmu "Mjesto u srcu", iz 1984. godine. Za tu je ulogu Malkovich bio nominiran za Oscara.
Politički se izjašnjava kao liberal, a poznat je kao vatreni zagovornik smrtne kazne. Pogubljenje serijskog ubojice Johna Waynea Gacya proslavio je davne 1994. bocom šampanjca. William Hootkins koji je radio s Malkovichem izjavio je: "U stvari, on je takav desničar da se morate čuditi ako se šali".
Često svira gitaru i druge glazbene instrumente. Obožava Portugal, i suvlasnik je lisabonskog disko-kluba "Lux", a s Johnnyem Deppom i Seanom Pennom jedan je od vlasnika njujorškog kluba "Man Ray".
Godine 1990. u pjesmi Nenada Bacha, "Can We Go Higher?", recitirao je stihove hrvatske himne.
John Malkovich, koji danas slavi 68. rođendan, ne skriva da gaji enormnu ljubav prema Hrvatskoj, usprkos činjenici da hrvatskog "ne zna ni beknuti". Holivudski glumac već je godinama zaljubljenik u Jadransku obalu. Johnovi prabaka i pradjed u SAD su emigrirali iz Ozlja, mjesta pokraj Karlovca. Ovih je dana, uoči svog zagrebačkog nastupa u Lisinskom, posjetio i drnišku konobu "Ponistra" u Zagrebu gdje je uživao u čuvenom Merlotu.