Ukopani duboko u zidinama Vatikana, a uglavnom pod zemljom, nalaze se Vatikanski tajni arhivi u kojem se nalazi ogromna povijest djela Svete Stolice, zajedno s povijesnim dokumentima, državnim dokumentima, papinskim knjigama računa i drugim službenim prepiskama, od kojih neki potječu iz 8. stoljeća. Predmeti uključuju pisma Michelangela, pismo kraljice Marije I. napisano dok je čekala izvršenje, i zahtjev kralja Henryja VIII za poništenje braka. Procjenjuje se da se arhivi, koji su službeno vlasništvo sadašnjeg pape, prostiru na 83 kilometra polica s više od 35.000 predmeta. Osim vrlo malo osoblja koje se brine za arhive, pristup je strogo ograničen na kvalificirane znanstvenike iz vrlo odabrane visokoškolske i istraživačke institucije.