U bolnicu je stigao 10. prosinca 1999., tri godine ranije na redovnom sistematskom pregledu otkrili su da karcinom kardije, spoja želuca i jednjaka. Liječnički tim koji se brinuo o njemu bio je predvođen dr. Andrijom Hebrangom. Od dolaska u bolnicu do smrti, prošlo je 40 dana. Na današnji dan prije 23 godine preminuo je prvi hrvatski predsjednik dr. Franjo Tuđman.
Hebrang je za Večernji list ispričap da ga je drugi dan od saznavanja dijagnoze nazvao i rekao da ide u kliniku Walter Reed. Otputovao je 11. studenoga 1996., pretrage je dobro podnio, zapisala je kasnije njegova supruga Ankica.
Američki internist rekao je da operacija ne bi pomogla, samo bi ga iscrpila. Tuđman nije pokazivao osjećaje, supruzi Ankici je rekao da će biti dobro: "Borit ću se, imam snage za to. Imam motiva, puno razloga da još poživim. Još Hrvatska nije potpuno slobodna."
Kad se vratio iz Amerike, na zagrebačkom aerodromu održao je govor o "crnim, žutim i zelenim vragovima."
Sve papire u Zagrebu su liječnici opet pregledali, Hebrang mu je rekao da mu jamči tri godine života, možda i više te predložio kemoterapiju. Tuđman mu je dogovorio "ha, ti protiv Walter Reeda" - tamo su mu davali pola godine života. Odgovorio mu je da misli da zna više i da će ga, kao i uvijek, razuvjeriti. "Opet ćeš ti biti u pravu, je li?", pitao je predsjednik.
Liječnici su se složili da bi mu kemoterapijom mogli staviti bolest u mirovanje i produljiti život. Imao je i dobar razlog, planirao je mirnom reintegracijom osloboditi čitavu Hrvatsku. U početku nije bio za kemoterapiju, a onda je pristao.
Hebrang se zalagao za to da se javnosti kaže da je predsjednik bolestan, ali ne i od čega. Tako je i bilo.
U ljeto 199. bolest se pogoršala, to je primijetila njegova supruga Ankica prva. Ali on je odbio ići doktorima, otkazivati putovanja. Posjet Vatikanu i Italiji, 28. i 29. listopada 1999., bio mu je važniji. S njime je otputovala i kći Nevenka, vidjela je da mu je loše, vratio se u Zagreb s bolovima.
Obećao je da će ići doktoru nakon Dušnog dana, trebalo je obići grobove najmilijih i Oltar domovine. Jedva je od bolova sjeo u auto kojim su ga odveli na Oltar domovine, ali snagu za obići grobove najmilijih nije više imao.
U KB Dubrava potom su ga hitno operirali, imao je perforaciju debelog crijeva što je izazvalo gnojnu upalu potrbušnice – peritonitis, tragova karcinoma nije bilo. No bio je iscrpljen i nakon operacije više se nije dizao. Više ga nije boljelo i bio potpuno pri svijesti. Umro je od posljedica peritonitisa.
Punih 40 dana u bolnici do dana smrti 10. prosinca 1999. i uz uzglavlje bili su tadašnja glavna sestra KB-a Dubrava Manda Bagić, časna sestra Beatrica Kvakar, sestra Melita Mesar i ravnatelj prof. Velimir Božikov.
Manda Bagić prisjetila se posljednjih trenutaka za 24sata: "Znao je da je to njegov kraj te se želio oprostiti od Đurđe Šušak i Andrije Hebranga. Prekršila sam protokol, nazvala Đurđu i dala mu je na telefon. Znala sam da osiguranje neće pustiti ni Hebranga. Kad je već bio na respiratoru, poručila sam da ga je Hebrang pozdravio. Zbog cijevi u ustima nije mogao govoriti, no tekle su mu suze". Bila je uz njega i na samrti.
Kaže da ga je s Beti uredila, obukla i kad su već zatvarali lijes, prisjetila se hrvatske zastave koja je bila na njegovu ormariću. Prepričala je da je rukom zaustavila poklopac i stavila mu hrvatski stijeg na grudi zajedno s krunicom.
