Gilji se na Županijskom sudu ponovno sudi zbog ubojstva u jednom kafiću u zagrebačkoj Ciboni 1999. kada je pištoljem, prema tvrdnjama iz optužnice, usmrtio Mirka Rimca, a ranio Ivu Jurić i Berigoja Vukojevića, sina tadašnjeg saborskog zastupnika, a kasnije i suca Ustavnog suda Vice Vukojevića.
Suđenje i za pokušaj ubojstva
Upravo je Ustavni sud ukinuo presudu kojom je Gilja zbog tog zločina osuđen na sedam godina zatvora uz obrazloženje da mu je povrijeđeno pravo na obranu.
Sudilo mu se i za pokušaj ubojstva u jednom sesvetskom kafiću, za što je 2012. nepravomoćno osuđen na dvije godine.
Dugogodišnji spor?
Gilja je u lipnju pritvoren jer je glavnom uredniku Nacionala prijetio nezadovoljan pisanjem tog tjednika koji je objavio da Gilju policija sumnjiči i da je organizirao pokušaj zastrašivanja prokuristice Kraša Marice Vidaković, jedne od najeksponiranijih osoba u slučaju Agorokor.
No, prema pisanju Nacionala zastrašivanje prokuristice nije imalo veze s Agrokorom, već dugogodišnjim sporom "između Kraša i tvrtke Gong Gila na čijem je čelu Josipa Gilja", supruga Krešimira Gilje. Nacional je objavio da je u pozadini navodnog zastrašivanja koristoljublje jer se Maricu Vidaković, navodno, trebalo natjerati da iskoristila svoj utjecaj u Krašu i pristane "na nagodbu kojom bi se okončao jedan višegodišnji sudski spor između Kraša i tvrtke Gong Gila".