Postupak protiv nje, te još dvojice poduzetnika pokrenulo je Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu osumnjičivši ih za zlouporabe položaja i ovlasti.

Prema pisanju Novog lista , Zdenka Peternel je od 2005. godine do 2011. godine sudjelovala u sumnjivim poslovima koji su HGK nanijeli višemilijunsku štetu.

Za to je iskoristila svoju funkciju u sklopu koje je imala ovlasti potpisivanja razne poslovne dokumentacije, među ostalim i faktura što su ispostavljane HGK.