Crna Ptica povučena je iz upotrebe 1990. godine, neposredno prije raspada Sovjetskog Saveza. Na insistiranje američkog kongresa, tri Crne Ptice su vraćene u operacije u periodu između 1995. i 1998. godine, a NASA je ove zrakoplove koristila u znanstvene svrhe sve do 1999. godine. Na kraju priče ovaj je zrakoplov povučen bez prikladne zamjene.
Glavni razlog za povlačenje Crne Ptice bila je previsoka cijena operacija. Osim toga, američke zrakoplovne snage su sumnjale da se SR-71 neće moći nositi s novim sovjetskim (kasnije ruskim) PZO sustavima i presretačima kao što su to mogli novi modeli. Upravo zbog toga su se čelni ljudi zrakoplovnih snaga i opirali inicijativi kongresa da se Blackbird vrati u upotrebu.
Kako tvrde američke zrakoplovne snage, troškovi SR-71 iznosili su oko 200.000 dolara po satu letenja. Također, cijena održavanja ovog zrakoplova premašila je određen budžet za oko 50 posto. Kada se tome pridoda logistička podrška, odnosno točenje goriva u zraku koje je koštalo oko 18.000 dolara po satu, cijena je jednostavno bila neprihvatljiva.
Kako se Hladni rat bližio kraju, troškovi se više nisu mogli opravdati, naročito uslijed novih prijetnji koje su mogle ugroziti ovaj zrakoplov. Tako je najbrži zrakoplov ikad napravljen završio u muzejima.
