Prema navodima Tuttosporta u Atalanti vjeruju da Inzaghi još nije za umirovljenje, pa 38-godišnjem napadaču namjeravaju ponuditi ugovor ovog ljeta kada postane slobodan igrač budući da mu aktualni prvak Milan nema namjeru nuditi produljenje vjernosti. Inzaghi je ove sezone uglavnom grijao klupu momčadi sa San Sira, a trener Allegri ga je koristio u svega šest utakmica Serie A. Atalanta u njemu vidi idealnog partnera u napadu za Germana Denisa.

Svoju prvu pravu sezonu u Serie A Inzaghi je odigrao upravo u Atalanti kada je u spomenutoj sezoni 96./97. u 33 nastupa postigao 24 pogotka te je odmah naredne sezone transferiran u Juventus.

U redovima Stare dame proveo je naredne četiri sezone uz 58 zgoditaka u 122 utakmice, a potom je prešavši u redove Milana u jedanaest sezona uknjižio 200 nastupa i 72 gola.