Proglašava ga se neprijateljem Hajduka, a navodi se i da je radikalizirao cijeli turbulentan odnos između Hajduka i Hrvatskog nogometnog saveza. Na Poljudu su uvjereni da je Vlajčević glasnogovornik HNS-a, a ne disciplinski sudac.
"Deplasirano je uopće braniti se od napada na osobnoj razini. Pokušaj mog diskreditiranja neće riješiti Hajdukove probleme. Činjenica jest da najviše disciplinskih prijava dolazi k meni protiv Hajduka. Ali, ne pišem ja prijave. Moj je zadatak da ih riješavam sukladno Disciplinskom pravilniku HNS-a. Mislim da sam čak bio benevolentan spram Hajduka tijekom ove sezone", rekao je Vlajčević za Slobodnu Dalmaciju.
"Otvoreni napadi na mene s Poljuda započeli su nakon nereda na Kantridi u prošlom prvenstvu. Odnosno, od trenutka kada sam Hajduk kaznio s 200.000 kuna, a Rijeku sa 100.000. I tada sam išao 'na ruku' Hajduku. Mogao sam ih kazniti s najmanje dvije utakmice bez gledatelja. Najviše su mi zamjerili što sam više kaznio njih kao goste nego Riječane koji su bili organizatori utakmice. No, gotovo identičan slučaj imali smo nedavno na San Siru u Milanu. HNS se žalio na propuste domaćina, odnosno organizatora susreta, ali je svejedno zbog divljanja svojih navijača morao platiti 80.000 eura. Talijani samo 15.000."
Podsjetnik, Vlajčević je kaznio Hajduk oduzimanjem tri boda, predsjednik uprave Marin Brbić, te četiri člana Nadzornog odbora, Ljubo Pavasović-Visković, Vjekoslav Hrabar, Ante Majić i Nikola Koceić-Bilan kažnjeni su zabranom obavljanja funkcije u nogometu na godinu dana, dok su jedanaestorica igrača koji su odbili izaći na travnjak kažnjeni sa 3000 kuna.
"Nastojao sam zaštiti klub. Bio sam maksimalno benevolentan spram Hajduka. Prema pravilniku, mogao sam kazniti svakog igrača sa šest mjeseci do godine dana neigranja. No, smatram kako su igrači za ono što se dogodilo u Maksimiru najmanje krivi. Članovi Nadzornog odbora dioničkog društva i dalje mogu obnašati svoju dužnost u Hajduku, ali ne mogu ništa raditi unutar sustava nogometne organizacije. Isto vrijedi i za predsjednika Uprave kluba, Marina Brbića."
