Umro je nakon duge borbe s tumorom na mozgu u dobio od 46 godina. Stephan Beckenbauer i sam je bio nogometaš, ali ostao je u sjedni slavnog oca. Igrao je za juniorsku momčad Bayerna, a kasnije je, između ostaloga, bio član 1860 Münchena i Saarbrückena.
Proba u Crvenoj zvezdi
Zanimljivo je da je 1990. bio na probi u tada goropadnoj Crvenoj zvezdi, ali nije prošao. Karijeru je zbog ozljede okončao sa samo 29 godina.
Prebacio se nakon toga u trenerske vode, pa je tako u Bayernovoj U-17 momčadi vodio i današnje svjetske prvake Bastiana Schweinsteigera, Matsa Hummelsa i Thomasa Müllera. Iza sebe je ostavio suprugu i trojicu sinova.