Siva pjegavost je razarajuća bolest oraha koja može ugroziti i više od 80% plodova. Prvi znakovi bolesti najčešće se vide krajem svibnja, ako je bilo kišno razdoblje. Za vrijeme kišnog perioda godine patogen koji uzrokuje sivu pjegavost se širi čime se pojavljuju pjege na plodovima, listovima, mladicama, nakon čega se plodovi suše i odumiru. Pjege su u početku sive boje i okruglastog oblika, dok se kasnije povećavaju i tamne.

Preventivna zaštita oraha od ove bolesti je sakupljanje i spaljivanje otpalog lišća te rezidba zaraženih mladica. Ako se radi o već zaraženom orahu, potrebno je tretirati ga fungicidom.

Neke od otpornih sorti oraha na bolest sive pjegavosti su Elit, Hartley itd. 

Crnu pjegavost uzrokuje fitopatogena bakterija te napada sve zelene dijelove biljke. U početnom stadiju bolesti pjege su bezbojne, te kasnije tamne do potpuno crne boje. Brzo se širi i izaziva sušenje lišća. Zaraženi mladi plodovi se također suše, smežuraju i otpadaju. Ako bolest zahvati zrelije plodove, na njihovoj površini će biti udubljenja i brazde. Bakterija prodire u jezgru oraha pritom ga uništavajući. Jezgra gubi svoj oblik, postaje sluzava i crna.