Postoje velika neslaganja oko toga koliko često mijenjati vodu u bazenu. Neki ljudi tvrde da to nikada nije potrebno ako sustav filtracije radi ispravno i ako se kemija bazena vrlo pažljivo prati i izbalansira. S druge strane, mnogi javni bazeni se dreniraju i pune dva puta godišnje. Za vlasnike kuća najbolja preporuka je isušivanje i ponovno punjenja bazena svake dvije do tri godine. Brojni čimbenici će utjecati na to koliko često trebate mijenjati vodu u bazenu.
Važno je održavati razinu slobodnog klora i pH na odgovarajućim razinama. Klor nikada ne bi smio pasti ispod 1,0 dijelova na milijun, inače neće biti učinkovit u ubijanju algi i štetnih bakterija. Razina pH bazena trebala bi biti između 7,2 i 7,6.
Vrsta vode koju koristite u svom bazenu također može biti faktor u tome koliko često mijenjati vodu u bazenu. Tvrda voda sadrži više minerala koji se s vremenom nakupljaju na zidovima i dnu bazena. Redovito ribanje zidova četkom ili usisavačem pomaže, ali bazene napunjene tvrdom vodom možda ćete ipak morati prazniti češće od onih s mekom vodom.
U klimatskim uvjetima gdje se bazen "zatvara" prekrivanjem za zimu, posebno je važno provjeriti je li voda u bazenu u dobrom stanju prije nego što ga pokrijete za sezonu. To će osigurati da se voda lako dovede u kemijsku ravnotežu sljedeće sezone kada bazen bude otkriven.