Za vrijeme svog jedanaestogodišnjeg braka s kolegicom Nicole KidmanTom Cruise zahladio je odnose s scijentološkom crkvom te prekinuo kontakt s poglavarom Crkve, Davidom Miscavigeom, koji je holivudskim glumcem bio apsolutno opsjednut. Nicole i Tom posvojili su dvoje djece, Isabellu i Connora, koji su također bili učlanjeni u Scijentološku crkvu iako glumica to nije pretjerano odobravala.
Tom se ubrzo ponovno zbližio s Davidom (koji mu je kasnije bio kum na vjenčanju s Katie Holmes), a koliko je dvojac bio blizak govore razni navodi, od toga da 'razmišljaju paralelno' do činjenice da si je Miscavige kupio identičan motor kojeg Cruise vozi. Navodno ga je kupio od sredstava scijentološke crkve iako američki zakon jasno zabranjuje vođama neprofitabilnih organizacija uživanje u 'neuobičajenim povlasticama ili kompenzacijama'.
Bilo kako bilo, tada devetogodišnja Isabella i šestogodišnji Connor provodili su vrijeme sa članovima Crkve koji su ih indoktrinirali i koji su im objašnjavali da je njihova majka supresivna osoba koja sprečava druge osobe u svojoj blizini da se razviju, te da joj se ne bi trebali povjeravati, niti s njom komunicirati i provoditi vrijeme. (Na internetskoj stranici Scijentološke crkve navodi se kako su supresivne osobe poznate kao antisocijalne te da su u toj kategoriji mogu pronaći Napoleon, Hitler, nemilosrdni ubojice i narko-šefovi.)
'Scijentološka crkva pomno prati komunikaciju svojih istaknutih članova te da im brani odnose sa supresivnim osobama posebice onima koji su kritični prema Crkvi. Ta osoba može biti vaš sin, kćer, otac ili vaša majka. To nije važno', objasnio je ugledni član Scijentološke crkve, Marty Rathbun, koji je bio drugi čovjek tajnovitog kulta gotovo 27 godina sve do svog odlaska 2004., a bio je i dugogodišnji mentor Toma Cruisea.
Odnosi između Nicole i njezine posvojene djece zbog navedenog su se u takvoj mjeri zahladili da ju oni više ne zovu 'mama' nego samo Nicole, što je glumicu pogodilo toliko da se umalo rasplakala dok je to spominjala u jednom intervjuu.
Rathbunove tvrdnje sada još više objašnjavaju zašto je Katie Holmes iz braka s Tomom Cruiseom pobjegla glavom bez obzira kada su se pojavile indikacije da bi Suri mogla završiti u najrigoroznijem scijentološkom kampu u kojem djeca od samo šest godina, koliko je Suri navršila, moraju proći kroz indoktrinacijski proces, koji uključuje svojevrsnu reviziju u kojoj djecu spajaju na detektor laži pod nazivom e-metar, pred kojim moraju priznati svoje najdublje i najmračnije tajne članovima sekte.
Iako je i sama zbog Cruisea bila članica te sekte zbog čijih je načela prošla kroz 'tihi porod' (žene moraju roditi u potpunoj tišini kako dijete koje dolazi na svijet ne bi bilo traumatizirano), Katie nije mogla dopustiti da se 'ispiranje mozga' primjenjuje i na njezinoj kćerkici, zbog čega je glavna stavka njezinog sporazumnog razvoda s Tomom bila ta da Suri više ne smije ni pod kojem obliku biti pod utjecajem scijentološke crkve.
Sve uvjete koje je Katie zahtijevala u ovoj brakorazvodnoj parnici Tom joj je i omogućio, sumnja se upravo zbog toga što je godinama bila bliska sa samim vrhom ove sekte, te samim time raspolaže mnogim tajnim i mračnim informacijama koji bi Crkvu 'dotukli', što Cruise (pa tako ni Miscavige) nikako nisu mogli dopustiti.
