Prije negoli je iskonski spoznala ljubav i sreću, najpoznatija australska glumica bila je u braku s kolegom Tomom Cruiseom, za kojeg se udala kada je imala tek 23 godine.

Nicole se s Tomom Cruiseom vjenčala 1990. godine, a ubrzo nakon vjenčanja usvojili su dvoje djece. Iako je sve isprva bilo idilično, između dvoje megapopularnih glumaca stala je Tomova religija - scijentologija. Nicole se nisu sviđali stega i pravila koja scijentologija nameće pa se Tom počeo udaljavati od nje. Odlučio je i da će i njihovu djecu odgojiti u skladu s tom religijom, pa je tako i bilo. Nicole se u jednom trenutku počela osjećati isključeno iz njihove rutine i vrijednosnog sklopa pa je došlo do zahlađenja odnosa. Kada je došlo do iznenadnog razvoda koji je zatražio Cruise, sud je puno skrbništvo nad djecom dodijelio upravo njemu, i to baš zato što su bili vjernici čija je sveta dužnost izbjegavati osobe koje nisu scijentolozi.

Iako se, upravo nakon razvoda, njezina karijera počela neviđeno uspinjati te je 2003. čak osvojila Oscara, Nicole je kasnije priznala da se unatoč tom uspjehu osjećala nevjerojatno usamljeno. "U rukama sam držala zlatni kipić i nikada se nisam osjećala usamljenije nego tada", rekla je.

Četiri godine nakon razvoda, na gala večeri na kojoj se u Los Angelesu odavala počast Australcima, Nicole Kidman susrela se s Keithom Urbanom. Jednom je prilikom izjavila: "Bili smo samo dvoje usamljenih ljudi koji su se upoznali u trenutku u kojem su mogli o svemu progovoriti i napokon se otvoriti. Bili smo pomalo preplašeni, ali i hrabri. Silno sam željela novog muškarca s kojim ću moći dijeliti svoj život, a još više sam željela djecu. Bila sam otvorena za sve i spremna na promjene."

"Na početku veze, došao je po mene na motoru i odveo me u Woodstock, mjesto na kojem je 1969. održan istoimeni rock festival. Vjerujem da je to bila prijelomna točka, kad sam shvatila da je on taj, muškarac kakvom sam se nadala. Možda se sve to dogodilo zato što sam nepopravljiva romantičarka ili zato što sam glumica pa me osjećaji lako preplave ili zato što vjerujem u sudbinu, ali tada sam sebi rekla: "Ok, to je to", otkrila je ranije za magazin People.

Vjenčali su se 25. lipnja 2006. godine u Australiji, no početak braka nije bio idealan. Samo četiri mjeseca kasnije Keith Urban otišao je na rehabilitaciju i riješio se alkoholizma. Bio mu je to treći put, nakon što je već boravio u ustanovama zbog ovisnosti o kokainu, a ona je zbog toga otkazala "press" turneju, samo da bi mogla biti uz njega.

U trenucima kada su razdvojeni, umjesto pisanja poruka, zovu jedno drugo, a Keith Urban pokazao je i svoju romantičnu stranu pa svojoj supruzi piše ljubavna pisma za svaki dan kada nisu jedno kraj drugoga.

U braku su dobili dvije kćeri, Sunday Rose, a surogat majka im je rodila i Faith Margaret. Oboje priznaju kako im je obitelj sve na svijetu.