U Hrvatskoj postoje biljke koje su ugrožene i rijetke te su iz tog razloga zakonom zaštićene. Neke od ugroženih biljaka u Hrvatskoj su runolist velebitska degenija, vodeni kozlac, zimzelena medvjetka.

Runolist je najpoznatija ugrožena biljka u Hrvatskoj koja uspijeva na Velebitu, Dinari, Risnjaku te na Ličkoj Plješevici. Na svim prirodnim staništima ova je biljka zaštićena od 1952. godine.

Velebitska degenija je endemska, ugrožena biljka u Hrvatskoj. Karakteristična je po sivkastim plodovima i uskim listovima, a cvate u svibnju i lipnju.

Vodeni kozlac poznat kao močvarni zmijanac, ugrožena je biljka u Hrvatskoj koja raste u Gorskom kotaru. Prepoznatljiv je po žućkastozelenim cvjetovima i sjajnim listovima.

Osim ovih, na listi ugroženih biljaka u Hrvatskoj između ostalih nalaze se smilje, vrijes, lopoč i majčina dušica.