Izetbegović je iznio optužbe na račun Hrvatske reagirajući na komentar Miroslava Tuđmana u zagrebačkom Globusu koji je uzroke današnjeg terorizma na tlu Europe pronašao u Bosni i Hercegovini tijekom 90-ih godina.
“Zašto se nismo odrekli usluga mudžahedina? Kad ste napadnuti od susjeda i imate embargo na oružje nećete nikome reći da nije dobrodošao s puškom na vašoj strani. Nismo mislili da će raditi zločine”, rekao je Izetbegović u intervjuu za N1 televiziju.
Na pitanje je li njegov otac imao nadzor nad mudžahedinima, Izetbegović je rekao da u početku nije bilo nikakvog nadzora, negirajući da su mudžahedini bili pod izravnim zapovjedništvom Alije Izetbegovića koji je za vrijeme rata bio bošnjački čelnik.
“Oni nisu istjerani iz BiH, ali Alija (Izetbegović) nije bio sretan što su bili prisutni”, dodao je i pojasnio da su zločini mudžahedina makar trostruko bili manji od onih koje je napravila HercegBosna.
"Očekujemo presude u Den Haagu za udruženi zločinački pothvat. Tu će biti spomenut i Franjo Tuđman, a tu ima prstiju i Tuđmana mlađeg jer je bio šef obavještajne službe u to vrijeme tako da mislim da skreće pozornost s tema koje ne odgovaraju njemu i Hrvatskoj”, rekao je Izetbegović.
Do početka studenoga očekuje se izricanje drugostupanjske presude za šestoricu dužnosnika HercegBosne koji su nepravomoćno 2013. osuđeni zbog navodnog udruženog zločinačkog pothvata za ratne zločine nad Bošnjacima te pripajanja jednoga dijela BiH Hrvatskoj što su činili na poticaj prvog hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana, ministra obrane Gojka Šuška i načelnika Glavnog stožera Hrvatske vojske, generala Janka Bobetka.
Sin prvog hrvatskog predsjednika, Miroslav Tuđman, rekao je za posljednji broj tjednika Globus da je u BiH za vrijeme rata bio začetak današnjeg islamskog terorizma u Europi.
“Počinjeno je čak pedesetak ritualnih odsijecanja glave. Brigade Armije BiH koje su nosile naziv 'muslimanske' imale su arapske oznake, išli su u bitke s pokličem Alahu ekber. Činjenica je da su od ranih 90-ih, i prije nego što je izbio rat, u BiH počeli dolaziti mudžahedini, i to na poziv samog Alije Izetbegovića”, rekao je Tuđman koji je i autor knjige “Druga strana Rubikona – Politička strategija Alije Izetbegovića”, koja će početkom rujna biti predstavljena u Zagrebu.
Haško tužiteljstvo je dan nakon smrti bošnjačkog čelnika Alije Izetbegovića u listopadu 2003. objavilo kako je protiv njega vodilo istragu o ratnim zločinima.
