Emanuel Franjo Hoško rođen je 25. ožujka 1940. u Pakračkom Antunovcu od oca Franje Hoška i majke Elizabete rođ. Eiserle. Na krštenju je dobio ime Franjo. Nakon osnovne škole u rodnom mjestu, stupa u sjemenište Hrvatske franjevačke provincije sv. Ćirila i Metoda u Zagrebu gdje je stekao srednjoškolsku naobrazbu i 1958. maturirao u Franjevačkoj gimnaziji.
U Franjevački red ušao je u novicijatu u Cerniku 5. kolovoza 1956., a 6. kolovoza 1957. godine položio je prve zavjete.
Svečane redovničke zavjete položio je 17. rujna 1962. godine.
Redoviti teološko-filozofski studij završio je na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu, gdje je potom specijalizirao crkvenu povijest, magistrirao i 1968. godine doktorirao disertacijom »Škole hrvatske franjevačke provincije sv. Ladislava (1613.-1783.)«. Na istom je fakultetu habilitirao 1976. godine radom »Dvije osječke visoke škole u 18. stoljeću«.
Dugogodišnji pedagoški rad započeo je u Rijeci kao predavač opće i hrvatske crkvene povijesti na Franjevačkom filozofskom učilištu na Trsatu (1967.-1977.) i Visokoj bogoslovnoj školi u Rijeci, odnosno Teologiji u Rijeci (1967.-1977., 1987.-1991., 2000.-2010.). Predavao je i na institutima Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Zagrebu: na Povijesnom (1976.-1978.), Katehetskom (1978.-1987., 1997.-2000., 2000.-2010.) i Teološkom institutu za laike (1997.-2000.). Također je održavao nastavu na poslijediplomskom studiju istog fakulteta (1977.-1997.). Godinu dana proveo je u arhivskom istraživanju u Rimu (1977.-1978.). U mirovinu odlazi 2010. godine kao redoviti profesor Sveučilišta u Zagrebu.
Za svećenika je zaređen 29. lipnja 1965. godine u Zagrebu, te je obavljao niz pastoralnih dužnosti kao srednjoškolski i studentski vjeroučitelj u Rijeci (1967.-1977.), kapelan, gvardijan i župnik župe sv. Križa u Novom Zagrebu (1978.-1987.; 1997.-2000.), u svom pastoralnom radu osobito se bavio radom s obiteljima i odgojem mladih.
Kao upravitelj svetišta Majke Božje Trsatske na Trsatu i gvardijan trsatskog samostana (1987.-1991.) predvodio je 1991. godine organizaciju i izvedbu proslave 700. godišnjice Trsatskog svetišta.
Nakon toga odlazi na službu generalnog definitora Franjevačkog reda (1991.-1997.), čime postaje član upravnog vijeća Reda u Rimu kao predstavnik zapadnoslavenskih i južnoslavenskih franjevaca. U više navrata bio je kao definitor u upravi Provincije, vizitator provincija južnoslavenske konferencije, a vršio je i brojene druge službe u samoj Provinciji.
Iako je fra Emanuel Franjo Hoško zapamćen po svojim historiografskim radovima cijeli svoj svećenički i redovnički život uspješno je povezivao znanstveni rad i pastoralno djelovanje.
Njegov iznimno velik historiografski rad obilježava oko 150 bibliografskih jedinica. Većina njegovih radova vezana je uz povijest franjevaca na hrvatskom prostoru, osobito slavonskih franjevaca u 17. i 18. stoljeću.
Bio je urednik mnogih zbornika radova, urednik »Riječkog teološkog časopisa«, organizator znanstvenih skupova, publicist i aktivni pastoralni djelatnik, koji je svoja iskustva pretakao i u priručna pastoralna djela. Osim toga Hoško je crkveni povjesničar Trsata i zapadne Hrvatske.
Nekim svojim radovima pokazao se i kao vrstan poznavatelj umjetnosti čime je pokazao njegovanje duha suradnje i interdisciplinarnosti. Osobito kao dugogodišnji predavač nacionalne povijesti hrvatskog srednjeg vijeka na Odsjeku za povijest Filozofskog fakulteta u Rijeci i kao suradnik Odsjeka za kroatistiku istoga fakulteta, s kojima je surađivao na brojnim projektima i simpozijima interdisciplinarnog tipa.
Posljednje godine svoga života Emanuel Franjo Hoško proveo je na Trsatu, gdje je uz znanstveni rad ostavio doprinos u pastoralu mladih, obitelji i intelektualaca. Kao svećenik i redovnik radio je na evangelizaciji te afirmirao dijalog vjere i kulture. Cijelo vrijeme bio je na službi hodočasnicima i za potrebe Svetišta napisao scenarij za film o Trsatskom svetištu, kao i za film o trećem pohodu pape Ivana Pavla II. Hrvatskoj, kada se papa pridružio stoljetnom nizu trsatskih hodočasnika.
Zbog iznimnog znanstvenog, kulturnog, obrazovnog i pastoralnog rada Grad Rijeka uručio mu je 2012. godine nagradu za životno djelo. U obrazloženju nagrade piše kako mu se ona dodjeljuje »za znanstveni rad, izniman doprinos trsatske sakralne baštine te osobno svjedočanstvo kulturi dijaloga«.
Od 2008. godine zdravlje fra Emanuela počelo se naglo pogoršavati, iako je i dalje vrlo aktivno djelovao kao znanstvenik i propovjednik Trsatskog svetišta. No gubitak vida posljednje dvije godine onemogućio mu je i taj dio rada, stoga je svoje posljednje godine provodio u miru Svetišta i pod okriljem Majke Božje Trsatske, u okruženju u kojemu se odvijao najveći dio njegova života, od ređenja 1965. godine.
Franjevac i svećenik Emanuel Franjo Hoško ostavio je iza sebe izniman znanstveni i pastoralni trag. Spajajući stoljetnu tradiciju i poslanje hrvatskih franjevaca afirmirao se u kvalitetnog i priznatog znanstvenika, izvrsnog pastoralnog radnika i svećenika na tragu obnove Drugog vatikanskog sabora. Znanstveno obrađujući franjevačku povijest na hrvatskom tlu, otvarao je nove prostore za proučavanje crkvene i nacionalne povijesti, a vrijedna iskustva toga rada pretakao u konkretnu životnu stvarnost Crkve.
