Naknade HAKOM-u plaćaju se iz ukupnog prihoda operatera te za uporabu adresa i brojeva, radiofrekvencijskog spektra i obavljanje drugih poslova u području elektroničkih komunikacija i poštanskih usluga, jer agencija nije korisnik državnog proračuna.
HAKOM je tako priopćio da je novi Pravilnik o plaćanju naknada za obavljanje poslova prihvaćen 9. studenog, te da se njime smanjuju naknade operaterima "uslijed daljnje racionalizacije poslovanja i razvoja uporabe radiofrekvencijskog spektra kojim upravlja".
Od 2009. naknade smanjene više od 20 posto
Ističu tako da operateri mogu računati na naknade umanjene za više od sedam posto, dok oni koji koriste radiofrekvencijski spektar mogu ostvariti dodatne uštede jer su naknade za uporabu radiofrekvencijskog spektra za javne pokretne komunikacijske mreže smanjene za deset, a za mikrovalno povezivanje za pet posto u odnosu na tekuću godinu.
Ukupno je HAKOM od početka svjetske ekonomske krize, koja je Hrvatsku u znatnijoj mjeri pogodila 2009. godine, smanjio naknade za svoje poslovanje svim operaterima za oko 22 posto, a naknade za uporabu radiofrekvencijskog spektra za javne pokretne mreže za oko 26 posto.
