Spor s početka godine oko neizručenja Mladena Naletilića i nesuradnje u istragama zločina počinjenih tijekom i nakon Oluje, koji je znatno pridonio međunarodnoj izolaciji bivše hrvatske vlasti, zamijenjen je, nakon mjeseci zatišja, koncem godine sporom oko načina na koji dvije strane vide ispunjene obveza Zagreba. 'Medeni mjesec', koji je trajao od siječanjske promjene vlasti u Hrvatskoj, završen je u studenome kritičkim govorima na račun Hrvatske prvih ljudi Međunarodnog suda za ratne zločine pred tijelima UN-a. Glavna haška tužiteljica Carla del Ponte kritizirala je pred Vijećem sigurnosti "opstruktivno" djelovanje novih vlasti "u nekoliko ključnih pitanja". Ubrzo je slijedio odgovor hrvatske vlade u obliku odrednica na kojima će počivati daljnja suradnja.
Hrvatska vlada u prosincu je objavila službena stajališta kojima traži da Haški sud istražuje konkretne zločine, a ne legitimne operacije hrvatskih oružanih snaga, da više učini na procesuiranju zločina bivše JNA u Hrvatskoj, te da eventualne kontakte s državnim dužnosnicima provodi isključivo preko hrvatske vlade. Predsjednik Savjeta za suradnju s Haagom Goran Granić ocijenio je da je ponašanje tužiteljstva poprimilo formu diktata i političke manipulacije što je za Hrvatsku neprihvatljivo. Naime, dok haško tužiteljstvo postavlja ultimativne zahtjeve, hrvatske vlasti drže da o haškim potrebama dvije strane moraju razgovarati i dogovoriti se. Neposredni povod posljednjem krugu nesporazuma bio je i kontradiktorni sadržaj dva poziva na 'razgovor' načelniku Glavnog stožera HV - a generalu Petru Stipetiću, koji su umjesto preko Vladina Ureda za suradnju, u Zagreb stigli zaobilaznim putem.
Spor s Haagom dodatno je zakompliciran, čini se, donekle različitim viđenjima suradnje hrvatske vlade i Ureda predsjednika. Dok prvi drže da bi Vladin Ured za suradnju trebao biti jedini kanal komuniciranja sa sudom, kako bi postojala potpuna kontrola nad protokom informacija, hrvatski predsjednik otvoren je za izravnu suradnju s Međunarodnim sudom za ratne zločine. I zamjenik glavne haške tužiteljice Graham Blewitt podigao je temperaturu odnosa izjavom sredinom prosinca da je hrvatskim vlastima poznato tko su osobe protiv kojih se vodi haška istraga zločina počinjenih tijekom Oluje, te da se imena koja proteklih mjeseci objavljuju hrvatski mediji uvelike poklapaju s onima u istražnim spisima tužiteljstva. U skladu s praksom haškog tužiteljstva nije želio otkriti o kojim se imenima radi. On je u Haagu kazao i da je optužnica za zločine počinjene u vrijeme Oluje "gotovo potpuno dovršena".
Nova 2001. godina, osim optužnice za zločine iz vremena Oluje u idućim mjesecima mogla bi donijeti i optužnice za druge hrvatske počinitelje zločina počinjenih na području Hrvatske, poput Medačkog džepa, kao i one kojima će rezultirati istrage zločina koje su u Hrvatskoj, odnosno Dubrovniku i istočnoj Slavoniji, počinile srpske snage u 1991. godini.
Godina odnosa s Haagom obilježena je i prvostupanjskim presudama u predmetu "Kupreškić i ostali" kojima je pet bosanskih Hrvata osuđeno za ahmićki zločin zatvorskim kaznama od šest do 25 godina, a potom i zapovjednik Operativne zone Središnje Bosne general Tihomir Blaškić na 45 godina. Početkom godine Žalbeno vijeće povećalo je i zatvorsku kaznu za bivšeg upravitelja kaoničkog logora Zlatka Aleksovskog, s dvije i pol na sedam godina zatvora te je on ponovno uhićen i prebačen na odsluženje kazne u Finsku. U ožujku je u Haag prebačen i Mladen Naletilić, optužen za zločine na području Mostara.
Godinu je tužiteljstvo zaključilo zahtjevom za izricanjem kazne doživotnog zatvora za bivšeg potpredsjednika Hrvatske zajednice Herceg - Bosne Darija Kordića i bivšeg zapovjednika viteške brigade Marija Čerkeza, optuženih za ratne zločine počinjene tijekom rata u BiH. Ovu godinu u odnosima Zagreb - Haag obilježilo je i otvaranje dotad čvrsto zatvorenih hrvatskih arhiva s inkriminirajućim dokumentima HVO - a haškim istražiteljima koji su u njima pronašli mnoštvo materijala prozvanih u tužiteljstvu "zagrebački dokazi".
