Među ugrožene vrste svakako spadaju i gljive. Zbog uništavanja njihova staništa, klimatskih promjena, onečišćenja okoliša te neodgovarajućeg i prekomjernog sakupljanja plodišta jestivih gljiva mnogim gljivama prijeti izumiranje. Zbog toga su određene vrste gljiva zaštićene Zakonom o zaštiti prirode.

U Hrvatskoj je trenutno ugroženo 349 vrsta gljiva svrstanih u pet kategorija: 55 kritično ugroženih, 77 ugroženih, 119 osjetljivih, 35 gotovo ugroženih i 63 nedovoljno poznatih.

U nastavku donosimo neke od zaštićenih vrsta gljiva:

Zaštićene vrste gljiva ne smiju se brati niti dirati! 

Kako smo spomenuli u članku, mnogim vrstama gljiva prijeti izumiranje zbog uništavanja njihova staništa i neodgovarajućeg te prekomjernog sakupljanja plodišta jestivih gljiva. 

Gljive s nadzemnim plodištima treba skupljati tako da se plodišta isključivo nožem, da se ne ošteti micelij i neposredno stanište gljiva, trećinu plodišta treba ostaviti netaknuto na staništu, ne skupljati stara plodišta niti tek iznikla i vrlo mlada plodišta. Jedna osoba smije sakupiti do dva kilograma plodišta dnevno.