Nilski konj može biti dug od 3,5 do 4,5 m, visok do 1,5 m, teži od 1,500 do 3,200 kg. Teško, valjkasto tijelo, nose snažne kratke noge. Približno je iste veličine kao bijeli nosorog. Imaju nesrazmjerno veliku glavu s malenim očima. Koža im je gola, osim na repu i njušci gdje im rastu dlake.

Mužjak nilskog konja raste tijekom cijelog života, dok ženke maksimalno teži s 25 godina.  Nilski konj ima kožu debljine 4 cm i ona čini čak 25% njegove ukupne težine (oko 1 tone). Koža nilskog konja se brzo suši na žarkom afričkom suncu, zbog toga oni dan provode ležeći u blatu ili vodi koja im služi kao termoregulator i zaštita od tropskog sunca. Iako glomazan i težak nilski konj na kopnu može trčati brže od čovjeka i to brzinom od 30 do čak 50 km/h, no samo na kratkim dionicama - do nekoliko stotina metara.

Uši su im male, a protresaju ih svaki put kada izranjaju. Donji očnjaci nilskog konja su se pretvorili u snažne kljove koje su duge do 60 cm i teže 2,5 kg. 

Nilski konj je društvena životinja koja živi u grupama do 40 jedinki. Prosječni životni vijek im je 40 - 50 godina. Njihov broj se danas procjenjuje na 125,000 do 148,000 jedinki, vrlo su ugrožena vrsta zbog lova i naglog smanjenja prirodnog staništa.