Prirodni neprijatelji štakora su ptice grabljivice, divlje mačke i zmije.
Ptice grabljivice su možda glavni prirodni neprijatelji štakora. Sove ih posebno vole jesti, a budući da su i štakori i sove noćne životinje, sove imaju puno prilika za to. Jastrebovi i sokoli također se ne protive konzumiranju štakora ako im neki naiđe na put. Međutim, ove ptice love tijekom dana, pa nisu tako strašni neprijatelji kao sove.
Iako kućna mačka nije sjajna u hvatanju štakora, njezini mačji rođaci jesu. Divlje mačke na svoj jelovnik redovito uključuju glodavce. Risovi često u svoju prehranu uključuju štakore. Ris preferira štakore zbog njihove veličine.
Prehrana zmija se velikim obujmom bazira na malim sisavcima kao što su štakori. Zmije su u rangu sa pticama grabljivicama kada pričamo o prirodnim neprijateljima štakora. One u velikoj mjeri kontroliraju populaciju štakora kako ne bi izmakla izvan kontrole.
