U vrijeme velikih prevrata u Južnoj Americi kler je u nekolicini zemalja pogođenih vojnim pučevima stajao u zaštitu demokratski izabranih vlasti. Međutim, Argentina je bila iznimka - ondje je kapelan policije Buenos Airesa Christian Von Wernich osobno sudjelovao u likvidacijama i mučenjima za vrijeme strahovlade Ramóna Campsa te Jorgea Rafaela Videla između 1976. i 1983. godine.
Trenutno taj svećenik služi doživotnu kaznu zatvora zbog sudjelovanja u tom "Prljavom ratu", u kojemu je nestalo oko 30.000 građana Argentine. Udruga Plaza del Mayo i danas traži pravdu za njih, a čak su u jednom momentu pozvale i Bergoglia da svjedoči u mučnom procesu koji se ticao otmica beba i trudnica socijalista zbog sumnje da je o tome znao pa i da je u njima sudjelovao.
Odluku crkve da javno podrži vojni režim današnji je papa objasnio 'političkim pragmatizmom'.
Od 1973. do 1979. Bergoglio nije vodio Crkvu u Argentini, već je bio provincijal jezuitskog reda, što se vremenski dijelom poklopilo s diktaturom. Njegovu navodnu upletenost u otmicu dvojice svećenika 1976. godine, koji su djelovali u siromašnim četvrtima, o čemu je pisao i Reuters opisao je novinar Horacio Verbitsky u knjizi "Tišina".
On je razgovarao i s Orlandom Yoriom, jednim od otetih jezuita. Obojica su, naime, preživjeli.
'Povijest ga osuđuje'
"Povijest ga osuđuje. Prokazuje ga kao osobu koja je bila vrlo bliska s vojskom", izjavio je Fortunato Mallimacci, bivši dekan Sveučilišta u Buenos Airesu.
Kada se 2005. godine profilirao kao kandidat za nasljednika Ivana Pavla II. aktualizirane su priče o sumnjama na njegovu upletenost u zločine počinjene od strane vojne diktature. Protiv njega podnesena je i tužba zbog sudjelovanja u otmici dvojice svećenika 1976. godine.
Tada je Bergogliov glasnogovornik poručio Associated Pressu da se radi o "starim klevetama". Oni koji ga brane često su navodili da je on skrivao brojne pojedince koji su bježali od vojske.
Današnji je papa kasnije, kada je došao na mjesto nadbiskupa Buenos Airesa i postao kardinal, aktivno radio na pomirenju među Argentincima te se ispričao za držanje Crkve u vrijeme diktature.
