Teško pitanje za jednu i drugu stranu je sudbina nestalih osoba. Vladine komisije koje su se godinama redovito sastajale i surađivale, uspjele su pronaći i identificirati samo mrtve, dok je zanemariv broj pronađenih živih osoba, koje su bile na popisu traženih osoba jedne ili druge strane.
Komisije su prekinule rad u vrijeme prošlogodišnjeg NATO-vog bombardiranja SRJ, ali se očekuje nastavak njihova rada. Ne manji problem od nestalih su izbjeglice. Beograd u svakoj prilici ističe povratak izbjeglih Srba kao prioritetan zahtjev.
Prema jugoslavenskim statistikama, samo u akcijama "Bljesak" i "Oluja", Hrvatsku je napustilo oko 300.000 izbjeglica, a ukupan broj izbjeglica iz Hrvatske i BiH iznosi gotovo milijun. Među izbjeglima iz Hrvatske veliki je broj onih koji su dobili hrvatske dokumente, ali se ne žele odreći izbjegličkog statusa, što omogućava stalne pritiske na Hrvatsku da ne čini dovoljno za njihov povratak.
Nazočnost izbjeglica u Jugoslaviji omogućava jugoslavenskim vlastima da traže veću međunarodnu pomoć, koja se do sada često koristila i za pomoć najugroženijim dijelovima domaćeg stanovništva. O desecima tisuća Hrvata, koji su pobjegli iz Srbije, posebno iz Vojvodine, uglavnom se ne govori.
Položaj hrvatske nacionalne manjine uopće nije definiran, iako je Sporazum o normalizaciji odnosa trebao riješiti i to pitanje. Nova jugoslavenska vlada dala je već neka obećanja o statusu nacionalnih manjina, pa se očekuje da Hrvati ovaj put neće biti zapostavljeni.
Pad režima Slobodana Miloševića otvorio je izglede za brže rješavanje pitanja sukcesije. Nova vlast formirana na saveznoj razini odustala je od stajališta da je SRJ jedina međunarodno-pravna sljednica bivše SFRJ. To je omogućilo prijem SRJ u UN i OESS i očekuje se da će olakšati i pregovore o sukcesiji.
Platforma za pregovore nije još poznata, ali se pretpostavlja da će jugoslavenska strana napustiti maksimalističke zahtjeve, jer joj je u interesu da što prije dođe do prava vlasništva nad onim što joj pripada, prvenstveno zlato u Baselu, kao i to da se problem sukcesije skine s dnevnog reda.
Iako je iz praktičnih razloga odustala od načela kontinuiteta, nova vlast nije jasno prihvatila stajališta Badinterove komisije o raspadu bivše države. Predsjednik Vojislav Koštunica je nedavno izjavio kako nije sporno da su se Hrvatska i Slovenija odcijepile, pa nije isključeno da će to utjecati i na pregovore o sukcesiji.
U Beogradu se malo govori o tome da je Hrvatska tužila SRJ Međunarodnom sudu pravde u Haagu za agresiju i da traži ratnu odštetu od 35 milijardi dolara. Službeno je stajalište i dalje da je na području bivše Jugoslavije došlo do građanskog rata, a ne agresije. Srpska strana za sada nije spremna preuzeti odgovornost za rat, pa time ni za plaćanje ratne odštete. Iz takvog odnosa prema ratu proizlazi i odnos prema ratnim zločincima i Međunarodnom sudu u Haagu.
Činjenica da SRJ još nije isporučila Haagu Veselina Šljivančanina, Milu Mrkšića, Ratka Mladića i druge, optužene za ratne zločine u Hrvatskoj i BiH, a nalaze se na njezinu teritoriju, opterećuje hrvatsko-jugoslavenske odnose. Predstavnici vlasti ističu da suradnja s Haaškim sudom nije njihov "prioritet".
U odnosu na otvorena pitanja koja proizlaze iz srpskog gledanja na uzroke rata, problem granica izgleda jednostavniji. Korekcije granice na Dunavu, zbog mijenjanja toka rijeke, mogle bi biti dogovorene uz malo dobre volje. Prevlaka je, pak, godinama bila tema za odmjeravanje snaga na unutarnjoj političkoj sceni. Bilo je i u novije vrijeme, čak od predstavnika DOS-a, izjava da bi Hrvatska mogla prepustiti Prevlaku Crnoj GOri.
Izgleda, međutim, da će se pitanje Prevlake rješavati u izravnim pregovorima Hrvatske i Crne Gore i da se tu već nazire rješenje. Očekuje se da će ulazak SRJ u međunarodne organizacije uz obveze koje to podrazumijeva, uključujući i izručenje ratnih zločinaca, olakšati rješavanje otvorenih pitanja u odnosima Hrvatske i SRJ.
