Suđenje je počelo čitanjem optužnice nakon čega su se Glavaš, Ivica Krnjak, Gordana Getoš Magdić, Dino Kontić, Tihomir Valentić i Zdravko Dragić izjasnili da nisu krivi za egzekucije srpskih civila na obali Drave te mučenja i ubojstva u garaži osječkog Sekretarijata za narodnu obranu.
Glavašev odvjetnik: Optužnica ima dva problema
Tužiteljstvo je u uvodnom govoru najavilo da će dokazati krivnju optuženika koje tereti za ratni zločin protiv civilnog stanovništva protivno međunarodnom pravu.
Glavašev odvjetnik Dražen Matijević ustvrdio je da optužnica ima problema jer se poziva na Ženevsku konvenciju o zaštiti civilnih osoba iako su sve žrtve hrvatski državljani pa se na njih treba primjenjivati hrvatski pravni poredak. Problem je također, dodao je, što se optužnica poziva i na drugi dopunski protokol koji se ne odnosi na međunarodne ratne sukobe, rekao je odvjetnik.
Glavašava obrana zatražila je također da se iz spisa izdvoje nezakoniti dokazi, odnosno iskaz krunskog svjedoka Fehira i zapisnik sa ispitivanja Getoš Magdić. Ostale obrane su se pridružile Glavaševoj i najavili da će dokazati nevinost svojih branjenika.
Glavaš tvrdi da supostupak inicirali Sanader i Šeks
Na ponovljenom postupku, prvostupanjski sud ponovno bi trebao izvesti sve dokaze, a po potrebi i druge dokaze koje predlože državni odvjetnik i optuženici, a zatim otkloniti nedostatke na koje mu je ukazao Vrhovni sud, vodeći pri tome računa o sadržaju odluke Ustavnog suda.
Na glavnoj raspravi sutkinja bi trebala odlučiti o zahtjevu obrane da se iz spisa izdvoje iskazi krunskog svjedoka Krunoslava Fehira koji je ranije Glavaša prokazao kao nalogodavca zločina te Getoš Madgić koja ga je u jednom od iskaza teretila, da bi kasnije tvrdila kako je njeno ispitivanje bilo nezakonito.
Suprotno tužiteljstvu koje tijekom cijelog postupka ističe da je Glavaš bio na vrhu kriminalnog lanca, prvo kao neformalni, a kasnije i formalni zapovjednik koji je određivao kriterije za odabir i stigmatizaciju žrtava, Glavaš tvrdi da je postupak protiv njega iniciran od strane bivšeg premijera Ive Sanadera, Vladimira Šeksa i vrha HDZ-a.
Ustavni sud ukinuo presudu, Vrhovni zatražio novi postupak
Suđenje se ponavlja više od osam godina nakon što su Glavaš i ostali proglašeni krvima i kažnjeni na zatvorske kazne od pet do deset godina koje im je u pravomoćnoj presudi 2010. smanjio Vrhovni sud. Prvu pravomoćnu presudu Vrhovnog suda Glavašu od osam godina zatvora, temeljem koje je služio zatvorsku kaznu u Mostaru, Ustavni sud ukinuo je na početku 2015. kada je od Vrhovnog suda zatražio da ponovi postupak kojim je potvrdilo osuđujuću presudu zagrebačkog Županijskog suda.
Vrhovni sud je potom 28. srpnja 2016. ukinuo prvostupanjsku presudu i od zagrebačkog Županijskog suda zatražio novo suđenje za ratne zločine nad osječkim Srbima.
Na prvom suđenju koje je trajalo je od listopada 2007. do travnja 2009. ispitano je 120 svjedoka. Glavaš se na meti istražitelja našao u srpnju 2005. kada je tužiteljstvo potvrdilo da posjeduje službene izjave o ubojstvima osječkih civila 1991. i 1992.
Optužnica u slučaju "selotejp" kojom su Glavaš i ostali optuženi za ubojstvo deset osoba i jedan pokušaj ubojstva podignuta je u travnju 2007., dok je mjesec kasnije optužnica protiv Glavaša podignuta i u slučaju "garaža" u kojem ga se po zapovjednoj odgovornosti tereti da je naredio zlostavljanja u garažama Sekretarijata za narodnu obranu.
