Specijalist za izvođenje slobodnih udaraca je prvi put došao u Vasco 1995. godine. Nakon šest sezona je preselio u Lyon u kojem se zadržao osam godina.
Dvije je sezone potom bio član katarske Al-Gharafe, da bi se 2011. vratio u Vasco. Početkom ove godine se odlučio okušati u američkoj MLS ligi, ali nakon samo sedam mjeseci je napustio New York Red Bullse, navodeći kao razlog osobne probleme.
U petak je, pak, i treći put potpisao za Vasco, a za klub iz Rio de Janeira će igrati besplatno. Vasco se, doduše, obvezao da će mu u sljedećem razdoblju isplatiti dio dugovanja iz njegovih prošlih mandata u klubu.
Juninho je s Vasco da Gamom, između ostaloga, dva puta osvojio brazilsko prvenstvo, a 1998. i Copu Libertadores.