Humboldtova struja je hladna morska struja koja je ime dobila po njemačkom prirodoslovcu Aleksandru von Humboldtu.

To je hladna morska struja uz zapadnu obalu južne Amerike, a kreće se od Antarktike paralelno s obalom prema sjeveru.

Niske temperature vode koje Humboldtova struja donosi s Antarktike uzrokuju da je prosječna temperatura mora uz južnoameričku obalu oko 7-8 stupnjeva niža od temperature vode na otvorenom oceanu.

Znanstvenici Humboldtovu struju smatraju visoko produktivnim ekosustavom, odnosno najproduktivnijim morskim ekosustavom uopće. Procjene kažu, da iz sustava Humboldtovih struja dolazi 18-20% svjetskog ulova ribe.

Hladna morska voda hladi i zrak, a posljedica toga je da su obalna područja pored kojih prolazi Humboldtova struja vrlo siromašna padalinama sa svim obilježjima pustinja. Iz tog razloga se na području strujanja Humboldtove struje nalazi i čileanska pustinja Atacama.

Humboldtova struja, dolaskom El Nina, gubi na snazi i gotovo prestaje.