Debeo sloj prašine i raspršeni životinjski izmet prekrivao je napuštenu jedinicu intenzivne njege u Amravatiju, gradiću smještenom u dalekoj, ruralnoj četvrti u središnjoj Indiji. Poslijepodne su redovi bolničkih kreveta ležali prazni pored kompleta isključenih ventilatora, a sablasnu tišinu probijao je samo zvuk golubova koji se spuštaju, počinju priču za Bloomberg Chris Kay i Dhwani Pandya o tome kako su nedjelovanje i pogreške doveli do širenja smrtonosne varijante koronavirusa svijetom.
Neugodna smirenost bila je u oštroj suprotnosti s kaotičnim scenama početkom 2021. s kojima se suočio Ravi Bhushan, 44-godišnji liječnik sa sjedištem u ovoj regiji koja se bavi uzgojem pamuka, oko 400 milja istočno od Mumbaija. Potkraj siječnja, Amravati i okolni okruzi počeli su bilježiti niz iznenadnih i eksplozivnih izbijanja koronavirusa, baš u trenutku kada je ostatak Indije doživio zatišje nakon prvog vala zaraze širom zemlje.
U to vrijeme nepoznati, razbuktavanje u Amravatiju bilo je prvo vidljivo upozorenje da je varijanta SARS-CoV-2 sad poznata kao delta krenula svojim razornim putem. U roku od nekoliko tjedana tisuće ljudi preplavilo je Amravatijevu nedovoljno financiranu zdravstvenu mrežu dok se grad pretvorio u epicentar za ono što će postati najviše zbunjujuća verzija patogena koji je prvi put identificiran u Wuhanu u Kini godinu dana ranije.
Rani znakovi delta varijante
Amravati je bio preteča užasa koji će zahvatiti cijelu Indiju i proširiti se diljem svijeta. Kako se siječanj bližio kraju, Bhushan je već osjećao da grad s više od 600.000 stanovnika postaje Petrijeva zdjelica za oblik bolesti Covid-19 koji njegov tim prije nije liječio. Ranije su simptomi pacijenata nestajali za manje od dva tjedna, ali sada su se borili s virusom "gotovo 20 do 25 dana", rekao je. "Bila je to košmarna situacija."
Unatoč tim prvim, zlokobnim znakovima, ono što je uslijedilo na neki način objašnjava zašto je dvije godine nakon ove pandemije svijet i dalje na rubu zatvaranja gospodarstva, s još jednom novom varijantom koja se pojavljuje iz ranjivih, nedovoljno cijepljenih populacija. No, dok je Južna Afrika prošlog mjeseca brzo djelovala kako bi dekodirala jako mutirani omikron i objavila njegovo postojanje, indijsko iskustvo možda bolje odražava stvarnost s kojom se suočava većina zemalja u razvoju – i rizike koje potencijalno predstavljaju.
Otežani odgovor Indije bio je obilježen višemjesečnom inercijom vlade premijera Narendre Modija i zapanjujućim nedostatkom resursa, prema intervjuima s dvadesetak znanstvenika, dužnosnika, diplomata i zdravstvenih radnika. Mnogi su tražili da ostanu anonimni jer nisu ovlašteni razgovarati s medijima ili su bili zabrinuti zbog toga što će javno govoriti o pogrešnim koracima Indije.
Radnje koje je Indija poduzela i nije poduzela kad se pojavila delta, na kraju su ostavile njezine ljude i svijet nemilosrdno virulentnom inkarnacijom koronavirusa, onom koja je izazvala cjepiva i režime suzbijanja kakvih nije bilo ranije. Delta je poništila čak i najuspješnije strategije borbe protiv pandemije, uvukavši se u zemlje poput Australije i Kine sa strogim ograničenjima "covid zero" i učinkovito zatvorenim granicama. Bio je to najdominantniji oblik koronavirusa veći dio ove godine, kada je više od 3,5 milijuna ljudi umrlo od virusa - gotovo dvostruko više nego u prvoj godini pandemije.
Gotovo svi pokušavaju igrati tu igru
Više znanstvenika koje je intervjuirao Bloomberg rekli su da je način na koji se Indija ponašala u ranim danima delte potaknuo njezin uspon. Identifikacija varijante bila je odgođena jer su laboratoriji u zemlji bili bespomoćni tijekom većeg dijela 2020. i početkom 2021., djelomično zato što je Modijeva vlada ograničila uvoz vitalnih spojeva za gensko sekvenciranje u okviru nacionalističkog plana kako bi potaknula samodostatnost, rekli su. Znanstvenici tvrde da su opetovano pokušavali upozoriti upravu na novi soj početkom veljače, no Indija je tek potkraj ožujka objavila detalje o prenosivijoj varijanti.
"Dobrohotni pogled je da nisu htjeli oglasiti uzbunu bez uvjerljivijih dokaza", rekao je Ramanan Laxminarayan, direktor Centra za dinamiku bolesti, ekonomiju i politiku, istraživačkog instituta s uredima u New Delhiju i Washingtonu koji je pomogao provesti neke od najvećih indijskih studija koronavirusa. "Skeptičniji stav je da je sve u vezi s covidom politički upravljano i stoga je pitanje jesu li htjeli ne alarmirati ljude da se nešto događa u Indiji zbog straha od stigme – gotovo svaka zemlja pokušava igrati ovu igru."
Iako su posljedice delte bile razorne, mnoge od njegovih lekcija tek treba riješiti. Budnost Južne Afrike čini se izvanrednom, s velikim rupama u nadzoru virusa diljem svijeta, posebno u zemljama koje već imaju ograničena sredstva za kupnju i distribuciju cjepiva te si ne mogu priuštiti luksuz skupih programa sekvenciranja.
Više od 80% od 6,5 milijuna SARS-CoV-2 genoma koji su dekodirani i zatim preneseni u GISAID, međunarodnu bazu podataka koja prati promjene u virusu, dolazi iz Europe i Sjeverne Amerike. S obzirom na način na koji je južna Afrika tretirana kada su se pojavile vijesti o omikronu - s ograničenjima putovanja od SAD-a do Japana - može biti i ograničen politički apetit za ispravljanjem te nejednakosti.
Praćenje omikrona vs. delta
Sekvenciranje genoma, proces koji se koristi za dekodiranje koronavirusa i saznavanje detalja o ritmu mutacija, u središtu je pokušaja svijeta da se obrani od novih valova. Ono što se dogodilo s deltom pokazuje kako nepostojanje snažne infrastrukture za praćenje virusa, posebno za sekvenciranje, može pretvoriti prenaseljene gradove u terene za širenje opasnih novih varijanti, s potencijalom produljenja pandemije.
Iako omikron brzo postaje dominantniji oblik covida u SAD-u i drugdje, brza akcija je znanstvenicima kupila vrijeme da dekodiraju opseg njegove prenosivosti i ozbiljnosti. Južna Afrika je identificirala i objavila detalje nove varijante samo nekoliko tjedana nakon što je zabilježila porast broja slučajeva u jednoj provinciji.
Nasuprot tome, veći dio 2020. napori Indije u praćenju virusa bili su rijetki, što znači da je točno podrijetlo delte još uvijek nejasno. Do danas je zemlja sekvencionirala i podijelila samo 0,3% svojih ukupnih službenih infekcija u GISAID bazu podataka.
Indiju je sputavala činjenica da je samo nekoliko vladinih laboratorija i država ulagalo dosljedne napore u prvoj godini pandemije da mapiraju virus, čak i kad su milijuni bili zaraženi u prvom valu zemlje, tvrde ljudi upoznati sa situacijom. Bhramar Mukherjee, epidemiologinja i predsjedateljica biostatistike na Školi javnog zdravlja Sveučilišta u Michiganu, rekla je da su naporima Indije za sekvencioniranje naštetili "birokracija, politika i osjećaj izuzetnosti da smo pobijedili covid i da nema potrebe brinuti se o varijantama".
"Potreba za dijeljenjem podataka i uzoraka je tako ključna", rekla je. “Kada je Južna Afrika počela surađivati i dijeliti sa ostatkom svijeta, napredak se također povećao poput procesa zaraze: eksponencijalno. Indija uvijek štiti svoje podatke.”
Strah za karijeru
Unutar indijskih znanstvenih agencija zavladao je nedostatak institucionalne dinamike, zajedno s kulturom podložnosti Modijevoj vladi - vrlo osjetljivoj na komentare o postupanju s virusom - rekao je jedan bivši dužnosnik. To je značilo da stručnjaci nisu postavljali kritična pitanja iz straha da će im poremetiti karijere, dodao je. U mnogim slučajevima, indijsko ministarstvo zdravlja jednostavno nije slušalo niti donosilo odluke na temelju savjeta tih stručnih tijela, prema ovom dužnosniku.
Pokušaji povećanja sekvenciranja u Indiji također su bili kritično ograničeni nenamjernom zabranom uvoza reagensa u svibnju 2020., kemikalije potrebne za pogon strojeva za sekvenciranje. Kampanja "Make in India", Modijev pokušaj da osigura da se zemlja manje oslanja na mjesta poput Kine, značila je da javno financirani laboratoriji mjesecima nisu mogli uvoziti stvari vrijedne manje od dvije milijarde rupija (26,5 milijuna dolara). Indija uglavnom koristi sekvencere koje proizvode Illumina Inc. iz San Diega i britanska tvrtka Oxford Nanopore Technologies Plc, koji rade na patentiranim reagensima koji se ne mogu lokalno zamijeniti.
Znanstvenici u Indiji i inozemstvu sada navode različite datume kada je delta tamo počela kružiti. Uzorci retrospektivno dodani GISAID-u pokazuju barem jednu delta povezanu lozu u Indiji još u rujnu prošle godine, dok je Svjetska zdravstvena organizacija svoje prvo otkriće smjestila tamo u listopadu.
Sadašnji i bivši znanstvenici indijske vlade kažu da često dolazi do pogrešaka prilikom ručnog učitavanja informacija u bazu podataka i da su ti datumi vjerojatno pogrešni. Kažu da je u prosincu 2020. delta prvobitno sekvencirana u Indiji. Svakako, prva osoba koja je dekodirala mutacije u to vrijeme ne bi znala za njihovu potpunu veličinu jer nisu sve promjene u virusu značajne. Tek kada počnete bilježiti spiralne epidemije obilježene sličnim karakteristikama, shvatite da je u igri varijanta koja izaziva zabrinutost, rekli su. Ali Amravati je već u siječnju ove godine ponudio tragove potrebne za uspostavljanje te veze.
Indija nije jedina nacija u kojoj su se znanstvenici trudili uvjeriti vlade o prednostima dekodiranja strukture virusa. Čak i u Ujedinjenom Kraljevstvu, koje ima vodeći svjetski sustav sekvenciranja covida koji je zabilježio 13% svih slučajeva, postojale su rane kritike da je to u biti skupa akademska vježba ograničene vrijednosti u stvarnom svijetu.
SAD je također prijavio slučajeve omikrona mnogo kasnije od drugih zemalja, iako su dužnosnici rekli da je nova varijanta vjerojatno već u zemlji, što je znak nedostataka u njezinim sustavima sekvenciranja.
Predviđanje evolucije covida
Neki su indijski znanstvenici već u ljeto prošle godine bili uvjereni da će se virus u zemlji preobraziti na način koji će imati ozbiljne posljedice. No nakon što se početni val slučajeva u Indiji smirio u listopadu 2020., prkoseći predviđanjima o eksploziji, dužnosnici u Modijevoj administraciji bili su manje skloni slušati zabrinute znanstvenike, rekli su stručnjaci koji su razgovarali s Bloombergom.
Pojava alfa varijante u Ujedinjenom Kraljevstvu sredinom prosinca 2020. ponovno je pojačala hitnost oko sekvenciranja za neke u indijskoj znanstvenoj zajednici. Dugogodišnji zahtjev jednog vladinog laboratorija za reagensima Illumine ubrzo je prošao kroz nekoliko slojeva indijske birokracije. Vlada je nedavno dala zeleno svjetlo za pokretanje indijskog konzorcija za genomiku SARS-CoV-2, ili INSACOG, grupe od 10 laboratorija financiranih od strane države uspostavljenih kako bi se pomoglo začepiti velike rupe u indijskoj genomskoj mreži, a znanstvenici su znali da je potrebno brzo djelovanje.
Pozivi na Badnjak prošle godine naposljetku su pomogli dogovoriti pošiljke prijeko potrebnih reagensa i opreme iz SAD-a i Singapura. Dok su pravila o uvozu, koja su onemogućavala pristup laboratorijskim materijalima, ublažena u siječnju, sljedeću prepreku predstavljao je nedostatak letova zbog globalnih ograničenja putovanja. Znanstvenici su uspjeli nabaviti neke od stvari koje su im bile potrebne, ali će još proći tjedni, a u nekim slučajevima i mjeseci prije nego što mnogi laboratoriji INSACOG budu potpuno opremljeni.
Otprilike u isto vrijeme, mnogi Indijci bili su uvjereni da je njihova zemlja već podnijela teret bolesti. To je također vrijedilo za udaljene krajeve kao što je Amravati, gdje su stanovnici pokušavali obnoviti svoje živote nakon nacionalnog zatvaranja koju je Modi - koji je svoju premijersku dužnost oblikovao često autoritarnom, brzom i jedinstvenom akcijom - nametnuo unutar samo nekoliko sati, potkraj ožujka 2020.
No početkom 2021. Prashant Thakare, izvanredni profesor biotehnologije na Sveučilištu Sant Gadge Baba Amravati, bio je duboko zabrinut. Vidio je iznenadni nalet infekcija na testonoj stanici smještenoj u kampusu, koja je često domaćin lutajućim leopardima iz obližnjih šuma. "Kompletne obitelji bile su pozitivne", rekao je Thakare, koji je rekao da je požurio obavijestiti najviše zdravstvene dužnosnike okruga. "To nije bio slučaj u prvom valu, pa nas je to iznenadilo."
Nalet delta varijante
Vlada Maharashtre, države u kojoj se nalazi Amravati, reagirala je, rekao je Thakare, i pokušala riješiti situaciju. Ali čak i kada imate potrebnu opremu – što mnogi laboratoriji još uvijek nemaju – sekvencioniranje u Indiji bio je dugotrajan proces. S obzirom na prostranost zemlje i neuređenu infrastrukturu, neki brisevi virusa mogli bi biti stari 10 dana prije nego bi došli do znanstvenika, koji bi tada često čekali tjednima na dovoljno uzoraka da bi opravdali korištenje svojih skupih strojeva za sekvenciranje. Kvaliteta mnogih uzoraka često je također bila niska, a ponekad su s njima radili nestručni, ravnodušni ili uznemireni zdravstveni radnici na prvoj liniji.
U ovom trenutku, INSACOG, konzorcij za sekvenciranje, također se borio da se pokrene. Iako su osnovani potkraj 2020., mnogi laboratoriji koji su sudjelovali mjesecima kasnije još uvijek su prolazili obuku i pokušavali nabaviti opremu. Ustanove pod indijskim vijećem za medicinska istraživanja - jedno od tijela koje najbliže savjetuje vladu o covidu - odbijale su dijeliti genomske podatke s drugim partnerima INSACOG-a, tvrdi osoba upoznata sa situacijom.
Rano obećanje INSACOG-u od 1,15 milijardi rupija iz premijerovog Fonda za pomoć građanima i hitnim situacijama — kojeg je Modi osnovao u ožujku 2020. za pružanje hitnih bespovratnih sredstava — također se nije ostvarilo, ostavljajući Odjelu za biotehnologiju da potroši novac, samo 700 milijuna rupija kojih je pušteno do kraja ožujka 2021.
Traganje za odgovorima u covid krizi
Početkom veljače ove godine, kada su bolnice već bile prepune, zdravstveni službenici u Amravatiju znali su da trebaju brzo odgovori te su požurili desetak pozitivnih briseva iz grada i susjednih četvrti u grad Pune.
Otprilike tri sata vožnje u unutrašnjosti od Mumbaija, Pune je dom brojnih istraživačkih instituta koji proučavaju virus, kao i Instituta za serum Indije Pvt. Ltd., divovskog proizvođača cjepiva, ključ za indijsku inicijativu za imunizaciju protiv koronavirusa. Uzorci kojima je bilo potrebno hitno dekodiranje dostavljeni su na BJ Medical College, prostranu bijelu zgradu uz Opću bolnicu Sassoon, katastarsku državnu ustanovu u kojoj je jednom Mahatmi Gandhiju hitno odstranjeno slijepo crijevo.
Tamo je Rajesh Karyakarte preuzeo kontrolu. Entuzijastičnom i veselom voditelju odjela za mikrobiologiju sveučilišta kroz krv teče znanstveni napor: parazit koji je otkrio njegov otac znanstvenik dobio je obiteljsko ime. Na početku pandemije, Karyakarte je uvjerio koledž da kupi MinION prijenosni sekvencer od Oxford Nanoporea.
Sekvencer je konačno stigao 1. veljače ove godine, a sljedećeg dana Karyakarte je nestrpljivo pristao analizirati uzorke iz Amravatija nakon što je Maharashtrin direktor medicinskog obrazovanja i istraživanja izrazio zabrinutost zbog rastuće stope zaraze tamo u tjednom videopozivu. U roku od dva dana, imao je desetak primjeraka iz regije. Postojao je samo jedan problem. Sekvencer je tek trebao proći obveznu osobnu instalaciju od strane predstavnika tvrtke sa sjedištem u indijskom južnom tehnološkom središtu Bengaluru, kojima je bilo zabranjeno putovanje tijekom pandemije. "Bili smo u škripcu", rekao je Karyakarte.
Njegov se tim trudio pronaći rješenje. Jedan od doktoranada Karyakartea dobrovoljno je odvezao uzorke oko 14 sati u Bengaluru, gdje su ih mogli obučeniti za korištenje Oxford Nanopore sekvencera. Ali ubrzo su shvatili da će se ambalaža suhog leda neophodna za održavanje stabilnih uzoraka vjerojatno otopiti prije nego što stignu tamo. Nakon detaljnih pregovora, Air India je pristala dopustiti im da prevezu uzorke virusa u njihovu teretnom prostoru.
Popodne 8. veljače, tri Karyakarteova učenika doletjela su u Bengaluru i tijekom sljedeća tri dana krenula u otkrivanje Amravatinih tajni.
Kada je sredinom veljače državni istraživački tim stigao u Amravati, bili su šokirani otkrivši da se čitave zajednice razboljevaju. Jedna osoba na tom putovanju rekla je da je podijelila tu zabrinutost s indijskim ministrom za zdravstvo, čelnicima nacionalnih agencija i svima za koje su mislili da imaju utjecaja na promjenu politike, upozorivši ih da zemlja ide prema vrlo ozbiljno, problemo,a i da se čini da je virus mutirao. Dužnosnici u New Delhiju rekli su da će informacije biti provjerene i poduzete odgovarajuće mjere, ali suočeni sa sve većim dokazima o izvanrednom stanju javnog zdravlja, odgovor je bio duboko frustrirajući.
Kad su sirovi sekvencirani podaci stigli natrag u Pune iz Bengalura, Karyakarteov tim se usredotočio na to da ih interpretira. Amravati uzorci imali su dvije neobične mutacije na proteinu šiljaka. Karyakarte je 18. veljače detaljno iznio svoju zabrinutost državnim dužnosnicima. "Te su mutacije bile mutacije koje izbjegavaju imunitet", rekao je. "To sam označio crvenom zastavom."
Otkrivanje delte svijetu
Sljedećeg dana, Karyakarteovo izvješće poslano je obližnjem Nacionalnom centru za staničnu znanost i Nacionalnom institutu za virusologiju u Puneu kako bi se njegova analiza unakrsno provjerila. Zajednički su pronašli B.1.617, lozu virusa koja se podijelila na tri i stvorila deltu. Uz dokaze o mutacijama i veliki broj slučajeva zaraze, vlada Maharashtre je 22. veljače zaključala Amravati.
Thakare, čiji je PCR laboratorij bio među prvima koji je uočio porast zaraze, kaže da su mu državne vlasti rekle da ne otkriva Karyakarteove nalaze, te da su drugi zdravstveni dužnosnici u okrugu ostali u mraku o novoj varijanti. Na pozive i e-mailove Bloomberga upućene ministru zdravstva Maharashtre, Rajeshu Topeu, nije odgovoreno.
Oko 10. ožujka, INSACOG je podnio interno izvješće Nacionalnom centru za kontrolu bolesti - agenciji koja je na čelu konzorcija - potvrdivši da se nova varijanta širi i da je predmet velike zabrinutosti. Nije bilo javne objave sve do sastanka 17. ožujka s glavnim ministrima indijskih država, kada je Modi priznao sve veći broj slučajeva u Maharashtri i upozorio na rastuću nacionalnu epidemiju, zajedno s potrebom da se identificiraju mutacije koronavirusa i njihovi učinci. Međutim, tek je 24. ožujka indijsko ministarstvo zdravlja potvrdilo prisutnost dvostruke mutacije.
Bivši službenik s kojim je razgovarao Bloomberg rekao je da su zbunjeni zašto je trebalo toliko vremena da se javno objavi informacija o varijanti. Dva tjedna u pandemiji je cijeli život, rekla je osoba. No, drugi znanstvenici tvrde da tada nije bilo jasno da je soj doista bio uzrok brzog porasta zaraze širom zemlje: do kraja ožujka Indija je imala više od 60.000 slučajeva dnevno, s manje od 15.000 mjesečno ranije.
"Postojao je mali vremenski odmak prije nego što smo val na jedinstven način povezali s delta varijantom", rekla je Priya Abraham, ravnateljica Nacionalnog instituta za virusologiju koju financira država. "Ljudi u to vrijeme nisu baš povezivali ovu 'dvostruku varijantu' sa svime što se događalo u zemlji sve dok nije postalo očito da je ova varijanta sada na vrhuncu i da je otkrivena u mnogim drugim državama."
N.K. Arora, supredsjedateljica INSACOG-a i članica indijske radne skupine za Covid-19, rekla je prošlog mjeseca za Bloomberg da zemlja još uvijek uči kako se nositi s pandemijom početkom 2021. godine, a gledajući unatrag bilo je vrlo lako zapitati se zašto je došlo do kašnjenja. Dužnosnici Modijevog ureda, ministarstva zdravstva, odjela za biotehnologiju, Nacionalnog centra za kontrolu bolesti, Indijskog vijeća za medicinska istraživanja i Niti Aayog - vladinog thinktanka i savjetnika za politiku - nisu odgovorili na višestruke zahtjeve za intervjue ili komentare na detaljan popis pitanja koje je poslao Bloomberg.
No, uz malo poduzetih radnji, uvjeti su bili idealni za širenje koronavirusa. Brojnim državnim izborima koje su Modi i njegova stranka žestoko osporavali bilo je dopušteno da traju do ožujka i travnja, uz ogromne gužve na skupovima i biračkim mjestima. Kumbh Mela, najveći vjerski skup na svijetu, imao je milijune hinduističkih hodočasnika koji su se u travnju okupljali uz obalu svete rijeke Ganges. Rezultat je bio poput prelaska s pištolja na mitraljez, rekao je William Haseltine, osnivač Human Genome Sciences Inc. koji sada predsjeda Access Health International, njujorškim think tankom s uredima u Indiji. Raspršite "tisuću metaka u gomilu i šanse da ćete biti pogođeni su puno veće", rekao je.
Oporavak od covid katastrofe
Indijska vlada također pokušava ubrzati akciju cijepljenja, iako će početi cijepiti one mlađe od 18 godina i ponuditi zdravstvenim radnicima dodatnu dozu tek sljedeći mjesec. U centru za cjepivo početkom ovog mjeseca u Amravatiju, stalna gomila čekala je u redu na cijepljenje.
Diljem svijeta, dok se širi omikron sa svojih 50-ak mutacija, čini se da su neke zemlje u boljem položaju za rješavanje onoga što je pred nama. "Nismo uhvaćeni sa spuštenim hlačama", rekao je prošlog mjeseca Salim Abdool Karim, epidemiolog koji je savjetovao vladu u Južnoj Africi. "Očekivali smo i bili smo spremni za novu varijantu.
Za sada se nadamo da će se, za razliku od delte, omikron pokazati kao blaža verzija virusa, ona koja se nastoji replicirati što je više moguće bez ubijanja svojih domaćina. Ali s toliko ljudi koji su ostali necijepljeni, posebno u subsaharskoj Africi, rizik od pojave novih sojeva i dalje ostaje", rekao je Brian Wahl, epidemiolog na Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health. Manje od 9% stanovništva Afrike je potpuno cijepljeno.
"Kako bismo zaustavili pojavu nove potencijalno razorne varijante, moramo se pobrinuti da svijet bude zaštićen", upozorio je Wahl. "To je bila lekcija iz delte. Jesmo li postupili po tome? To je drugo pitanje i zašto smo vidjeli pojavu omikrona", dodao je.
