Tužiteljstvo je uoči glavne rasprave izmijenilo, odnosno "pročistilo" optužnicu, izostavivši kaznena djela za koja se terete četvorica optuženih, Miljenko Žaja-Krojf, Gordan Kolarić i Zoran Crnojević, protiv kojih je izdvojen postupak, te "pokajnika" Tomislava Marinca, od čijeg se kaznenog progona odustalo. Tako se od prvotnih 18, na optuženičkoj klupi sada nalazi 14 optuženih, od kojih je četvrtooptuženi, Zoran Pripuz, u bijegu.
Optuženi su Nikica Jelavić zvan Bokser, Zoran Petrović - Ivica, Zoran Pripuz - Zoki, braća Rajko Momčilović - Riba i Velibor Momčilović - Lola, Davor Zečević - Zec, Davorin Sobjeslavski - Lija, Đorđe Vuletić - Đoko, Tvrtko Tomičić - Tvrdi, Radovan Štetić, Miroslav Vuković - Olio, Vladimir Tlustenko, Damir Pribudić i Hrvoje Gašparinac - Legionar.
Njih se, na više od 200 stranica optužnice, tereti za udruživanje u tzv. zločinačku organizaciju, za ubojstva, pokušaje ubojstava, raspačavanje droge, nasilničko ponašanje, iznude, prijevare i drugo.
Po prvoj točki optužnice svi se, osim Tlustenka i Pribudića, terete za udruživanje u zločinačku organizaciju, koja je osnovana 1990. Vodstvo organizacije je, kako tvrdi tužiteljstvo, nakon ubojstva Zlatka Bagarića, u srpnju 1998., preuzeo prvooptuženi Nikica Jelavić, kojeg optužba drži odgovornim za sva kaznena djela koja su od tada izvršena.
Jelavića se, tako, tereti za pokušaj ubojstva Jurja Dodića i ubojstva Željka Šobota, te Zorana Dominija, slučajnog prolaznika, koji je poginuo pri pokušaju atentata na Vjeku Sliška u središtu Zagreba.
Zečević je optužen da je, po Bagarićevom nalogu, 1997. ispred kafića "Kvak" ubio Ivana Šakotu, te da je poticao na ubojstvo Davora Plećka, kojeg je pred diskotekom "The Best" 1994. pokušao ubiti Velibor Momčilović. Zečevića se također optužuje da je 1999. ubio Željka Šobota, te da je zajedno s Rajkom Momčilovićem potaknuo četiri nepoznate osobe da iz kuće Jele Gornik uzmu 55.000 DEM.
Za ubojstvo Špejtima Tačija optužen je Rajko Momčilović, a za poticanje Jelavić i Pripuz. Momčilović je također optužen da je 1998. "iskamatario" Dragu Špoljara. Tomičić se tereti za teško ozljeđivanje Ivice Črtalića i za pokušaj ubojstva Željka Šobota 1996., a Petrovića za ubojstvo Nike Mioča 1990.
Za pokušaj ubojstva Radovana Buvača, te dovođenje u opasnost života Milenka Đurića, tužiteljstvo tereti Sobjeslavskog. Po navodima optužnice za preprodaju droga u zločinačkoj organizaciji bili su zaduženi braća Momčilović, zatim Zečević, Sobjeslavski.
Tlustenka se tereti za poticanje Vuletića i Sobjeslavskog da prisile Tibora Trstenjaka da im preda 16.000 DEM, koje mu je navodno dugovao. Oni su za to pak angažirali Pribudića. Jelavić, Žaja, Štetić, Vuković i Pripuz optuženi su i za iznudu većeg novčanog iznosa od liječnika Borisa Ljahnickog.
Čitanje izreke optužnice trajalo je jedan sat, a tužitelji Janjko Grlić i Petar Dragosavac su se jednom izmijenili u čitanju. Tužiteljica Dunja Pavliček-Patak nije bila nazočna u sudnici, jer je zatraženo njezino izuzeće.
Nakon toga je branitelj prvookrivljenog Nikice Jelavića, Marijan Svedrović prigovorio da "pročišćeni" tekst optužnice nije valjan optužni akt, jer hrvatsko zakonodavstvo ne poznaje kombinaciju pojmova "pročišćena" izreka i "nepročišćeno" obrazloženje. Također je prigovorio da u zaglavlju teksta nema ni imena tijela koje ga je donijelo, niti službenog pečata i potpisa, pa je zatražio da se optužnica vrati tužiteljstvu na ispravak.
Svedrović također smatra da nije dobro da optuženi prvi put taj "pročišćeni" tekst čuju na glavnoj raspravi, jer drži da moraju biti dobro upoznati za što ih se tereti. To, ustvrdio je, nije bilo moguće u kratkom vremenskom roku, jer im je jučer dostavljena u zatvor.
Zamjenik tužitelja Dragosavac pojasnio je da je taj "pročišćeni" tekst samo tehničko pomagalo optuženima, kako bi bolje razumjeli za što ih se tereti, te da su u taj tekst unesene sve promjene koje su nastale otkad je optužnica postala pravomoćna. Tako su iz prve verzije optužnice izostavljena kaznena djela za koja su se teretila trojica optuženih, protiv kojih je postupak razdvojen, i "pokajnik" Tomislav Marinac.
Predsjednik sudskog vijeća Ratko Šćekić je tada odlučio da se čita obrazloženje optužnice, čemu se usprotivio branitelj Veljko Miljević, rekavši da za to nema potrebe, jer sud nije vezan za obrazloženje presude, već za činjenični i pravni opis koji se navodi u izreci optužnice. Također je prigovorio da su izmijenjene neke točke optužnice, tvrdeći da se radi o sasvim novoj optužnici, te da je nerazumljiva i trebalo bi je vratiti tužiteljstvu na ispravak. Šćekić je tada podsjetio Miljevića da su te izmjene bile dogovorene na sjednici Izvanraspravnog vijeća održanoj 5. srpnja, prije nego što je optužnica postala pravomoćna i da su se branitelji optuženih složili s tim promjenama. Dragosavac je pri tom podsjetio da je tom sastanku bio nazočan Svedrović, koji tada nije imao prigovora.
Sudsko vijeće odbacilo je kao neosnovan prijedlog branitelja da se optužnica vrati na doradu i ispravak tužiteljstvu, pa je optužnica postala pravomoćna. Dragosavac je pojasnio da branitelji nisu mogli dobiti "pročišćeno" obrazloženje optužnice, jer nije bilo moguće isprintati toliki broj primjeraka obrazloženja, koje sadrži više od 200 stranica. Tužiteljstvo se izjasnilo da im za to treba vremena do četvrtka, 2. studenog, jer je sačinjen i "pročišćeni" tekst obrazloženja. Svedrović je upozorio sud da braniteljima treba jedan dan da se upoznaju s tim obrazloženjem, pa je sudac Šćekić prekinuo glavnu raspravu i zakazao je za 6. studenog.