Osamostaljenjem Hrvatske 1991. godine došlo je do otvorene agresije Srbije na Vukovar i Hrvatsku.
Nakon što je većina srpskog stanovništva pobjegla iz grada, počela je bitka za Vukovar, u kojoj su hrvatske snage branile grad protiv vojske JNA, srpskih četničkih i drugih paravojnih postrojba i srpske vojske, koja je imala golemu premoć u ljudstvu i tehnici.
Srpsko je granatiranje sravnilo grad sa zemljom. Nakon tri mjeseca ogorčenih borba, Vukovar je 18. studenoga 1991. godine pao u srpske ruke.
U agresiji na Vukovar 1991. godine, JNA i srpske paravojne postrojbe ubile su najmanje 1.739 osoba.
Nakon oslobodilačkih akcija u drugim krajevima Hrvatske 1995. godine, počeli su pregovori o povratku Vukovara pod hrvatsku vlast. Lokalna je samouprava u Vukovaru počela djelovati sredinom 1997. godine.
8. lipnja 1997. godine, Vlak mira stigao je iz Zagreba u Vukovar. Bio je sastavljen od 21 vagona iz svih hrvatskih županija, a u njemu su bili najviši politički dužnosnici, crkveni velikodostojnici, članovi diplomatskog zbora, te brojni uglednici iz javnog, kulturnog, znanstvenog i gospodarskog života Hrvatske.
On je označio povratak Hrvatske u Vukovar, u hrvatsko Podunavlje, na njene istočne granice. Predsjednik Tuđman je nazvao Vlak mira simbolom povratka prognanika i pružanja ruke onima, koji nisu okrvavili ruke. Obraćajući se okupljenom narodu, predsjednik Tuđman je pozvao na praštanje jer pobjednik, koji ne zna praštati sije klice novih zala, a hrvatski narod to ne želi niti je želio.
Hrvatsko Podunavlje je mirno reintegrirano u Republiku Hrvatsku 15. siječnja 1998. godine. Otad se mnogo radi na obnovi grada i povratku svih stanovnika i pomirbi, te se oživljavaju kulturni i drugi vidovi gradskog života.
Borba s odlascima stanovništva i nezaposlenošću
Vukovar danas bije bitke kao i ostatak Hrvatske. Borbe s odlascima stanovništva i nezaposlenošću.
Upravo zbog posla mnogi su Vukovarci proteklih godina ponovno napustili grad, u kojem je oko 1700 nezaposlenih. U Vukovaru, koji broji oko 25 tisuća stanovnika, zaposleno je oko 10 tisuća ljudi. Tek 600 u jednom od simbola grada, tvornici Borovo. Kao i mnogima - nije im lako, iako im je prodaja popularnih zengi nakon što ih je obula Predsjednica porasla za 100 posto. Velike nade stanovnici su polagali u Zakon o razvoju Vukovara, no Vlada ga još nije donijela.
Ratne rane još uvijek nisu zacijelile
Ratne rane još uvijek nisu zacijelile, no i Hrvati i Srbi slažu se da je najveći problem - iseljavanje.
Mnogima je i problem nesankcioniranje zločiuna koji su se dogodili prije 27 godina. Baš zbog toga je u Vukovaru nedavno održan i veliki prosvjed s kojeg su odaslane jasne poruke kako Vukovar više ne može čekati te da oni koji su zločine počinili, za to moraju i biti kažnjeni. Vukovarci tvrde da sluha za njih, što se toga tiče, nema. I da to više ne mogu opravdavati. Država, točnije Vlada, tvrdi suprotno. I tako u krug. Od obljetnice do obljetnice.