Iako je najveći dio života proveo u Beogradu, u Srbiji nije bio omiljen jer je bio jedan od direktnih sudionika hvatanja četničkog vođe Draže Mihailovića, a na području bivše zajedničke države jer je bio zapovjednik logora na Golom otoku, ali i drugih 7-8 logora za političke neistomišljenike.
Prije godinu-dvije, u središtu Beograda dok se vraćao iz kafića svoga sina, nekadašnjeg proslavljenog košarkaša Dragana Kapičića gdje je redovito provodio prijepodneva, namlatio ga je jedan Beograđanin, vjeruje se zbog njegovih kritičkih izjava o srpskom nacionalizmu. Iako u poznim godinama, tada je izjavio novinarima da napadač može biti sretan što nije imao u džepu pištolj.
O Titu, u čijem je neposrednom osiguranju bio godinama, uvijek je govorio s dubokim poštovanjem i rado je prepričavao anegdote s Titovih putovanja koje su bile nepoznate široj javnosti. U Srbiji je tijekom 2009. i 2010. vođena velika državna potraga za grobom Draže Mihailovića, a Jovo Kapičić je tada izjavio: "I da znam, ne bih rekao gdje je Draža" kako se od njega ne bi pravio kult ličnosti.
"Zahvaljujući srpskom nacionalizmu i Slobodanu Miloševiću, Jugoslavija se raspala u krvi i zločinima", rekao je Kapičić koji je u jesen 1991. stavio svoj potpis na dokumnet kojim su protivnici Miloševića i njegove politike u Srbiji tražili obustavljanje napada i bombardiranja hrvatskih gradova, posebice Dubrovnika.
