Istražitelji ureda tužitelja razgovarali su s Levarom 1997. i 1998. u vezi s istragama koje vodi Sud. Nakon tih razgovora, Levaru su predložene zaštitne mjere, ali je on umjesto toga izabrao da se obrati medijima s detaljima svoje suradnje i razgovora sa Sudom, ističe se u priopćenju ICTY-ja te dodaje da je Levar tada rekao kako želi ostati u Hrvatskoj te je od tužiteljstva zatražio da se obrate hrvatskoj Vladi i zatraže zaštitu za njega, njegovu obitelj i njegovu imovinu. U odgovoru na taj zahtjev Tužiteljstvo je 1. travnja 1998. pisalo hrvatskoj Vladi tražeći da takva zaštita bude pružena Levaru, potencijalnomu svjedoku Suda. Hrvatska je Vlada 15. travnja izrazila spremnost da će prihvatiti tu odgovornost, ističe se u priopćenju te dodaje da otada nije bilo kontakata između Levara i tužiteljstva. Tužiteljstvo na kraju priopćenja izražava žaljenje zbog Levarove pogibije.
Istraga u vezi s pogibijom Milana Levara u ovlasti je hrvatskih vlasti,
