Bakota je tijekom svoje igračke karijere nastupao za samo dva kluba, NK Zagreb od 1971. do 1980. godine, te Sturm iz Graza od 1980. do 1986.

U dresu zagrebačkih bijelih odigrao je 195 utakmica i postigao 53 pogotka, a najbolja sezona bila mu je 1977/78. kada je postigao 10 golova i zaslužio jedini nastup za reprezentaciju bivše države (4-1 pobjeda protiv Grčke).

Godine 1980. prešao je u Sturm u dresu kojega je u sezoni 1981/82. sa 24 pogotka bio najbolji strijelac austrijske lige. Ukupno je za klub iz Štajerske odigrao 167 utakmica i postigao 86 golova.