Thomas Müller ove sezone bio je u sporednoj ulozi u Kovačevom Bayernu. Hrvatski trener neko vrijeme ga je izolirao na klupu, tako da je dugogodišnji igrač Bayerna i njemačke reprezentacije postao nezadovoljan.
Pisao je to i vodeđi njemački sportski magazin Sport Bild koji je naveo da se Müller neće javno žaliti na svoju minutažu, ali da nezadovljstvo buja u svlačionici.
Müller je konačno dobio priliku u Ligi prvaka i vratio Kovaču na najbolji mogući način povjerenje.S dvije asistencije sudjelovao je u pobjedi svoje momčadi i pokazao da može odigrati dobar nogomet na vrhunskoj razini.
No njemački list Kicker plasirao je priču po kojoj je Müller na meti talijanskog velikana Intera.
Nerazzuri su navodno ovog ljeta već kucali na vrata Bayerna, ali bez uspjeha. Ove zime navodno će pokušati ponovo dovesti Müllera koji bi im trebao biti velika pomoć u održavanju prvog mjesta i utrku s Juventusom.