Pravilno skladištenje je važno kada je u pitanju bilo kakva hrana. Kako bi bilo što manje otpada i kako bi zrnca kefira održali u dobrom stanju, potrebno ih je pažljivo i pravilno spremiti. Hladne temperature usporavaju proces oksidacije, odnosno kvarenje kefirnih zrnaca, stoga je najbolji način kako čuvati kefirna zrnca upravo u hladnjaku.

Kefirna zrnca stavite u čistu staklenu posudu s poklopcem i prelijte mlijekom. Za dulje skladištenje koristite više mlijeka kako bi zrna dobila više hrane. Također biste trebali mijenjati mlijeko svaka dva tjedna. Ostavite gornji poklopac lagano otvoren kako biste omogućili protok zraka.

Ovaj način kako čuvati kefirna znrca osigurati će da se kefirna zrnca ne pokvare 7 do 14 dana. Nakon što su zrna pohranjena, obično im je potrebno neko vrijeme da se ponovno aktiviraju prije nego što ih ponovno počnete koristiti. Međutim, čim se kefirna zrnca aktiviraju, biti će spremna za uporabu.