Vasiljković je u Hrvatskoj optužen za ratni zločin protiv ratnih zarobljenika i civilnog stanovništva, a splitski sud prethodno mu je odbio prijedlog jamčevine u visini od pet milijuna kuna.
Tereti ga se da je od sredine 1991. do 1993. kao zapovjednik Jedinice za posebne namjene u sastavu paravojnih srpskih postrojbi, odnosno zapovjednik Nastavnog centra za buku pripadnika specijalnih postrojbi Alfa, postupao protivno odredbama Ženevske konvencije. Na teret mu se stavlja i da je 1991. u zatvoru na kninskoj tvrđavi i 1993. u Bruškoj kod Benkovca zlostavljao i usmrćivao zarobljene pripadnike hrvatske vojske i policije.
U Glini izradio plan napada u kojem su ubijeni i ranjeni civili
Vasiljković se sumnjiči i da je u srpnju 1991. u Glini, u dogovoru sa zapovjednikom tenkovske jedinice JNA, izradio plan napada na tamošnju policijsku postaju, te naselje Jukinac i sela Gornji i Donji Viduševac, a potom i njihovo zauzimanje. U napadu su ubijeni i ranjeni civili, uključujući i i jednog stranog novinara, stanovništvo je natjerano na bijeg, imovina je opljačkana, dok su civilni objekti oštećeni ili uništeni.
Dragan Vasiljković se nakon sudjelovanja u pobuni u Hrvatskoj vratio u Australiju, gdje je do uhićenja početkom 2006. pod imenom Daniel Snedden živio u Perthu gdje je bio trener golfa. No, Nakon višegodišnjeg pravnog postupka izručen u srpnju 2015. je izručen Hrvatskoj, gdje ga očekuje suđenje zbog ratnog zločina.
U zatvoru na Bilicama
Nakon izručenja Hrvatskoj priveden je na Odjel za ratne zločine splitskog Županijskog državnog odvjetništva. Tada je dobio odvjetnika Darka Stanića po službenoj dužnosti, a pregovori sa nekoliko zagrebačkih, splitskih i riječkih odvjetnika nisu urodili plodom jer ga je većina odvjetnika izbjegavala braniti. Na prvom ispitivanju u splitskom Županijskom državnom odvjetništvu Vasiljković nije odgovarao na pitanja tužiteljstva. Danas ga zastupa zagrebačka odvjetnica Slađana Čanković.
U zatvorskoj ćeliji na Bilicama u početku je bio sam, no kasnije mu se pridružio Dragan Paravinja do sada tri puta osuđivan na 40 godina zatvora zbog ubojstva maloljetne Antonije Bilić. Nakon što je Paravinja prebačen u zagrebački zatvor njegovo mjesto u ćeliji naslijedio je bivši general Borislav Đukić kojega je Crna Gora zbog optužbe za rušenje brane na Peruči izručila Hrvatskoj.
