Ljubljana smatra da je Badinterova komisija samo "ugrubo" definirala graničnu crtu koju treba potvrditi i prilagoditi međudržavnim govorom ili međunarodno važećim aktom.
Riječ je o dijelovima područja uz granice, osobito u Istri i uz rijeku Muru, gdje se prema mišljenju Slovenije vanjske granice hrvatskih katastarskih općina ne poklapaju sa stvarnim stanjem suverene kontrole u vrijeme osamostaljenja dviju država 1991. godine.
Prema nečelu "uti possidetis", država koja je sa danom 25. lipnja 1991. godine imala stvarnu kontrolu nad teritorijem morala bi ga i dalje zadržati u svom pravnom poretku, tvrde slovenski pravnici.
Riječ je o nekoliko spornih područja na kopnenoj granici dugoj 672 kilometra, koja je 90 posto nesporna.
Za Sloveniju je u velikoj mjeri sporna granična crte uz rijeku Muru, jer je Mura tijekom godina meandrirala i mijenjala tok, pa su dijelovi hrvatskih katastarskih općina "ostali" na "slovenskoj" strani rijeke i stoga Ljubljana tvrdi da je slovenska policija u vrijeme SFRJ nad tim područjima imala suverenitet.
Slovenija se poziva i na navodne nedostatke u hrvatskim katastarskim evidencijama, osobito u Istri, gdje bi željela da granica prelazi rijeku Dragonju, na primjer kod parcele Joška Jorasa i na nekim drgim mjestima.
Muke sa Svetom Gerom
Za Sloveniju je "sporno" 113 hektara južno od sadašnjeg toka rijeke Dragonje, koja je zapravo 50-ih godina prošlog stoljeća "pomakunta prema jugu, odnosno njezin tok usmjeren u stari kanal Svetoga Odorika".
Sloveniija traži i priključenje triju hrvatskih zaselaka u općini Buzet - Škodelin, Bužini i Mlini-Škrilje sa kućom i parcelom Joška Jorasa kojega su mediji prije 20-ak godina proglasili borcem za slovensku južn granicu.
Slovenija isto tako traži da joj se priključi šumska parcela na planini Snježnik površine 70 hektara, te tvrdi da je to podrčje Rapalskim govorom s Italijom bilo katastarski preneseno iz Hrvatske u slovenski katastar.
Tu je i spor oko Svete Gere koju Slovenci zovu Trdinov vrh. Iako Slovenija priznaje vrh te gore kao nesporno hrvatski po katastarskom načelu, sporan joj je jer je prije četvrdesetak godina tamo svoj odašiljač postavila Slovenska državna televizija i jer se tamo za vrijeme SFRJ nalazila manja postrojba vojnika i prislušna postaja koju je hrvatski ZNG 1991. godine privremeno predao na čuvanje slovenskoj teritorijalnoj obrani, kako bi se mogla posvetiti ostalim zadaćama. Kansije je to postao predmet spora jer je u Ljubljani prevladalo stajalište da se Sveta Gera neće vratiti Hrvatskoj sve dok se definitiivno ne riješe i sva ostala granična pitanja, i na kopnu i na moru.
Slovenija spornima drži i 335 hektara šume i zemlje na području Žumberka, nekoliko hektara kod naselja Brezovica nasprot slovenskoj Metliki, uz rijeku Kupu.
Najveći kopneni granični prijepor je ipak kod Svetog Martina na Muri. Riječ je o 800 hektara zemlje u hrvatskom katastru koje Slovenija zahtijeva s argumentom da je to područje izvan kontrole slovenskih vlasti jer je u međvremenu rijeka Mura promijenila tok, pa je njezino korito danas dva kilometra južnije u odnos na vrijeme kad se razgraničavao katastar.
