Prizivno vijeće Suda BiH, kojim je predsjedavala sutkinja Azra Miletić, u obnovljenom je postupku zaključilo kako Stupar nije odgovoran za zločin genocida kojim ga je teretila optužnica, jer u vrijeme kada su počinjena ubojstva u Srebrenici nije imao stvarno zapovjedništvo nad Drugim odredom posebne policije Republike Srpske, čija je baza bila u Šekovićima.
U prvostupanjskom postupku održanim pred istim sudom, Stupar je u srpnju 2008. proglašen krivim i osuđen na 40 godina zatvora, što je najveća kazna koja se može izreći po zakonima BiH.
Nakon uložene žalbe obrane presuda je u rujnu 2009. ukinuta, nakon čega je održan novi postupak pred prizivnim vijećem Suda BiH u kojem je Stupar pravomoćno oslobođen.
U drugostupanjskom postupku vijeće je potvrdilo kako su pripadnici Drugog odreda doista počinili zločine u Srebrenici i to 13. srpnja. Utvrđeno je kako su policajci sudjelovali u strijeljanju zarobljenih Bošnjaka koji su bili zatočeni u mjestu Kravici.
Prema dostupnim podacima, tamo je ubijeno najmanje tisuću bošnjačkih zarobljenika. Zapovjednik te postrojbe u tom je trenutku, međutim, bio Rade Čuturić, koji je ranjen, a Stupar je zapovjedništvo preuzeo 14. srpnja.
Čuturić je poginuo u jesen 1995. godine, a za zločine počinjene u Kravici do sada je na kazne dugotrajnog zatvora osuđeno šest pripadnika policijske postrojbe kojom je zapovijedao.
