Nakon svih ratova na prostoru bivše Jugoslavije i sankcija protiv tadašnje SR Jugoslavije, EU je te sankcije pooštrila zbog srpskih operacija na Kosovu u lipnju 1998. Dok je Europa radila gospodarski pritisak na Miloševićevu vlast, istodobno je NATO obavljao vojne vježbe u susjednoj Albaniji. No ni izolacija ni pokazivanje mišića nisu Miloševića natjerale na dijalog s kosovskim Albancima pa NATO sve glasnije zagovara izravnu vojnu akciju. Većina članica željela je rezoluciju UN-a koja bi omogućila akciju no to je onemogućila Rusija, prijeteći vetom.
Zbog eskalirajućeg nasilja na Kosovu, sve više članica NATO-a priklanja se američkom i britanskom tumačenju kako nije potrebna dodatna rezulucija UN-a. Strana veleposlanstva povlače svoje predstavnike iz Beograda, a i SR Jugoslavija se priprema za rat - razmještaju se zrakoplovi i protubrodske rakete i raspoređuje protuzračna obrana, ojačana ruskim sustavima.
Sjećanje na pokolj u Srebrenici kojeg međunarodna zajednica nije spriječila bilo je još svježe te se upravo on koristio kao glavni argument da se vojnom akcijom spriječi još jedno krvoproliće. Nakon što je vojska SR Jugoslavije 15. siječnja 1999. u selu Račak pobila 45 kosovskih Albanaca, mahom civila, NATO je reagirao ultimatumom, zahtijevajući trenutno povlačenje srpske vojske i raspoređivanje međunarodnih snaga.
Richard Holbrooke sastao se posljednji put sa Miloševićem u ožujku 1999. i ponudio mu zadnju šansu da prihvati ugovor u Rambouilletu, prema kojem bi Kosovo dobilo natrag svoj status autonomne pokrajine, a OVK se razoružala. Milošević je odbio.
Zadnji Miloševićev rat
Na današnji dan, 1999., u 20 sati NATO polijeću prvi zrakoplovi iz talijanskih baza. U prvom valu su sravnjeni vojni ciljevi da bi u kasnijima bila uništavana prateća infrastruktura od mostova i prometnica do elektrana i tvornica. Tijekom 10 tjedana bombardiranja Srbije, NATO zrakoplovi izveli su 38,000 borbenih misija, većinom napadajući vojna postrojenja i skladišta oružja Srbije, no oštećene su ili uništene i civilne zgrade i ustanove, a pogođeno je i kinesko veleposlanstvo.
Sve veći pokolji Albanaca
Istodobno, srpska vojska pojačala je napade po Kosovu. Tako se 25. ožujka odigrao Masakr u Velikoj Kruši, u kojem je ubijeno 44 albanskih civila, 26. ožujka Masakr u Suvoj Reci u kojem je srpska policija smaknula 48 albanska civila, sve pripadnika obitelji Berisha, a 28. ožujka dogodio Masakr u Izbici, u kojem je ubijeno 120 Albanaca, navodno sve civili. Vjerojatno najveći pokolj, dogodio se u Meji, 27. travnja. Srbi su pobilili više od 200 Albanaca.
NATO više nema što bombardirati
Kako se Vojska Jugoslavije ne povlači s Kosova, NATO nastavlja s operacijama no nije više ostajalo mnogo ciljeva za gađanje pa su bombardirane čak i transformacijske stanice oko Beograda. Britanski premijer Tony Blair počinje razmatrati i kopnenu invaziju. Konačno, Milošević 11. lipnja priznaje poraz u ovom ratu te pristaje na povlačenje s Kosova. Oko 750.000 protjeranih Albanaca moglo se potom vratiti natrag na Kosovo, ali je oko 100.000 Srba od straha napustilo to područje.
10 godina kasnije, Kosovo je proglasilo neovisnost, a priznalo ga je više od 100 država članica UN-a.
Do danas, broj žrtava nije potpuno jasan. Srbijanski mediji pišu i do 2500 žrtava, dok Human Rights watch procjenjuje kako je stradalo između 489 i 528 civila. Ni jedni ni drugi ne spominju broj pobijenih Albanaca. Na NATO-ovoj strani poginula su dva vojnika. No NATO-ov najveći gubitak bilo je obaranje F-117A sa stealth tehnologijom trećerazrednim raketama ( u usporedbi s NATO opremom).
