Rdio se 24. srpnja 1924. u Bialystoku u Poljskoj, a u Zagreb je došao 1935. Na Zagrebačkom sveučilištu diplomirao je slavistiku 1949., a doktorirao 1954. obranom disertacije "Pravaštvo i ruska književnost".
Bio je redoviti profesor ruske književnosti na Odsjeku za jezike i književnost Filozofskog fakulteta u Zagrebu, a kao gostujući profesor predavao je na europskim sveučilištima u Amsterdamu, Freiburgu, Münchenu, Grazu, Beču, Insbrucku i Peruggi te na američkom Sveučilištu Yale. Redoviti član Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti u Razredu za književnost postao je 1991.
Flaker je bio plodan književni teoretičar i esejist, prevoditelj, autor značajnih stručnih i znanstvenih radova iz područja ruske i hrvatske književnosti, komparitivne književnosti i teorije književnosti. Po formaciji slavist univerzalnog tipa, vladajući gotovo svim slavenskim jezicima, bio je položajem profesora ruske književnosti na Filozofskom fakultetu u Zagrebu rusist, a po brojnim djelima i intimnoj vokaciji kroatist.
Upravo zbog širine zahvata, obogaćene poznavanjem glavnih svjetskih jezika i književnosti, akademik Flaker bio je jedna od najkompletnijih ličnosti naše sveučilišne kritike. Imao je izuzetan smisao za komparativno proučavanje književnosti, istakavši se posebno u proučavanju bogatih poticajnih veza koje postoje između ruske i hrvatske književnosti.
Godine 1957. sa suradnicima je pokrenuo izlaženje u svijetu poznatog i utjecajnog časopisa za znanost o književosti "Umjetnost riječi".
Objavio je mnoge stručne i znanstvene radove s područja ruske i hrvatske književnosti, eseje i recenzije, uz ine, knjige: "Heretici i sanjari", Zagreb 1953., "Ruski klasici XIX. stoljeća", Zagreb 1965., "Književne poredbe", Zagreb 1968., "Stilske formacije", Zagreb 1976., "Proza u trapericama", Zagreb 1976., "Poetika osporavanja", Zagreb 1982., "Ruska avanagarda", Zagreb 1984., "Nomadi ljepote", Zagreb 1988., "Riječ, slika, grad", Zagreb 1995., "Književne vedute", Zagreb 1999., "Autotopografija", Zagreb 2009. i "Ruska avangarda II.", Zagreb 2009.
Akademik Flaker bio je i dopisni član Slovenske akademije znanosti i umjetnosti, dopisni član Poljske akademije umjetnosti u Krakowu, počasni član Mađarske akademije znanosti i umjetnosti, član Hrvatskog društva pisaca, Društva hrvatskih književnika i PEN-a.
Dobitnik je nagrade "Božidar Adžija" 1964. za knjigu "Stilovi i razdoblja" i 1968. za knjigu "Knjževne poredbe", Nagrade za životno djelo Vladimir Nazor 1984., nagrade Kiklop za životno djelo 2009. i td.
