Riječ je o pitanju granice, osobito morske (Piranski zaljev), pravima i obvezama u nuklearci Krško, te obveze podružnice Ljubljanske banke Zagreb prema hrvatskim štedišama.
Slovenija je od početka razgovora o razgraničenju na moru davala do znanja kako je riječ o pitanju koje je za nju od prioritetnog strateškog interesa, s kojim je povezivala rješenje ostala dva pitanja. Od osnutka mješovite međudržavne diplomatske komisije za granice, Ljubljana je inzistirala na načelu "cjelovitosti Piranskog zaljeva".
To načelo - koje je Hrvatska osporavala - svodi se na tvrdnju kako je na dan proglašenja neovisnosti Slovenija u cjelini imala administrativnu kontrolu u zaljevu i da joj Piranski zaljev pripada u cjelini. Osim toga, stajalište slovenskih diplomata je da u pregovorima s Hrvatskom valja svakako osigurati teritorijalni izlaz Slovenije u međunarodne vode. U tom su smislu odbijena kompromisna rješenja poput morskog koridora do otvorena mora ili kondominija (zajedničke uprave) u zaljevu.
Prvi posjet predsjednika Stipe Mesića Sloveniji,, početkom godine, urodio je izjavama kako je strateški interes obiju država (izlaz Slovenije na otvoreno more, odnosno održanje hrvatske morske granice s Italijom) moguće uključiti u buduće rješenje, ali zbog pada Drnovšekove vlade sredinom godine, razgovori o tom pitanju nisu obnovljeni jer se Bajukova vlada morala posvetiti drugim pitanjima.
I u programu nove Drnovšekove vlade odnosi s Hrvatskom i rješenje otvorenih pitanja postavljeni su na visoko mjesto, bez promjene u prioritetima otvorenih pitanja za Sloveniju. Napredak bi mogla otežati činjenica što se i u novoj vladi nalazi Slovenska pučka stranka (SLS+SKD), čiji je prvak Franc Zagožen nenaklonjen ratifikaciji malograničnog sporazuma, jer ga drži prejudiciranjem pitanja morske granice na štetu Slovenije.
U svojim prvim izjavama nakon ponovnog izbora, premijer Drnovšek izjavio je, u vezi s otvorenim pitanjima, da je riječ o "politički i stručno" složenim problemima, ali da se u idućoj godini otvara prostor za njihovo rješenje. U slovenskoj su politici pritom prisutne dvije "škole" - jedna da otvorena pitanja treba riješiti što prije (pa i pitanje granice), jer se odnosi s Hrvatskom stalno spominju u izvješćima Europske komisije o napretku pri uključivanju Slovenije u EU (kao otežavajući faktor), i druga da je potrebno - u novoj klimi nastaloj nakon političkih promjena u Hrvatskoj i u jugoistočnoj Europi - ići od rješavanja manjih problema k rješavanju većih, te računati na stratešku važnost Slovenije za uključivanje Hrvatske u Europu.
Pitanje štednje Ljubljanske banke Zagreb i struje iz nuklearke Krško, osobito prvo, stavljeno je u kontekst "sukcesijskih" pitanja. Slovenija ostaje pri stajalištu kako je stara devizna štednja u Ljubljanskoj banci deponirana na računu bivše Narodne banke Jugoslavije u skladu s tadašnjim propisima, te da je mogućnost rješenja problema smanjena nakon ukidanja licence za rad Ljubljanske banke u Hrvatskoj. Također se tvrdi kako novoosnovana Nova Ljubljanska banka - koja je preuzela aktivu stare Ljubljanske banke - nema obveza prema štedišama Ljubljanske banke Zagreb.
Prošlogodišnji intenzivni pokušaji sklapanja međudržavnog ugovora o vlasničkom udjelu i obvezama prema nuklearci Krško nisu okončani, a zamrli su nakon političkih promjena koje su se u ovoj godini zbile u Hrvatskoj, a zatim u Sloveniji. U Ljubljani se drži kako je taj problem - kao i ponovno uključivanje HEP-a u preuzimanje struje iz Krškoga - najlakše riješiti, ali se inzistira na cijeni energije koja bi uključivala troškove buduće razgradnje nuklearke.
